More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1092 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
231 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  86.09 
 
 
232 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.285474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4624  arginine/ornithine transport protein AotM  80 
 
 
232 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52770  arginine/ornithine transport protein AotM  79.57 
 
 
232 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4484  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  74.46 
 
 
232 aa  344  6e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1431  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  74.46 
 
 
232 aa  344  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00987001  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  74.46 
 
 
232 aa  344  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.60113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4290  amino acid ABC transporter permease  74.03 
 
 
232 aa  342  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3773  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  74.46 
 
 
232 aa  342  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.136748  hitchhiker  0.00334449 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3569  amino acid ABC transporter permease  77.39 
 
 
232 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.118377  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1828  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  76.52 
 
 
232 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2881  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  66.23 
 
 
229 aa  311  3.9999999999999997e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0842079  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1452  amino acid ABC transporter, permease protein  55.02 
 
 
225 aa  257  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000068563  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.59 
 
 
236 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1927  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.26 
 
 
243 aa  251  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.85 
 
 
244 aa  250  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.498875  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1960  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  53.3 
 
 
225 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223037  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01552  ABC transporter permease  52.86 
 
 
225 aa  248  5e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003970  histidine ABC transporter permease protein HisM  53.3 
 
 
225 aa  244  6.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2783  amino acid ABC transporter permease  51.36 
 
 
243 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2831  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  49.55 
 
 
224 aa  227  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3310  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
240 aa  227  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.515692  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4272  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.8 
 
 
256 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000141249 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0309  amino acid ABC transporter permease  52.7 
 
 
229 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000829605  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.91 
 
 
236 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.186959  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2165  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.63 
 
 
237 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000275553  hitchhiker  0.0000000592731 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0298  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.8 
 
 
229 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0046472  normal  0.109587 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0280  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  51.8 
 
 
229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.139552  hitchhiker  0.000156387 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4930  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.35 
 
 
229 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000808771  hitchhiker  0.000000082822 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1121  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.16 
 
 
237 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0303  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.35 
 
 
229 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177039  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26220  histidine ABC transporter, inner membrane permease  50.69 
 
 
237 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102562  normal  0.637983 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4914  amino acid ABC transporter permease  49.54 
 
 
229 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5733  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  51.16 
 
 
237 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.584886  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5002  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.93 
 
 
237 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.613276  normal  0.590366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3392  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  50.23 
 
 
237 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0884  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.16 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.542408 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0697  amino acid ABC transporter permease  50.69 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.144068  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2410  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.16 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00752088 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587835  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1176  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
237 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4637  amino acid ABC transporter permease  48.85 
 
 
237 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3726  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.85 
 
 
237 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0910034 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4288  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  50.69 
 
 
237 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1794  amino acid ABC transporter permease  51.16 
 
 
237 aa  208  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.543432  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2406  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.16 
 
 
237 aa  208  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2451  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.6 
 
 
237 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.195128  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2316  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.6 
 
 
237 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.247214  normal  0.687012 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1239  histidine ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0761422  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1090  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.227269  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1356  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.623  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1441  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0209  histidine ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0482  histidine ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
237 aa  207  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.194829  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5360  amino acid ABC transporter, permease protein  49.08 
 
 
229 aa  207  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.209442  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1088  histidine ABC transporter, permease protein HisM  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.890652  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0745  amino acid ABC transporter, permease protein  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0396612  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3016  histidine ABC transporter, permease protein  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121232  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1093  histidine ABC transporter, permease protein HisM  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.77 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.428353  normal  0.172644 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1581  histidine ABC transporter, permease protein HisM  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.12387  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0986  histidine ABC transporter, permease protein  51.63 
 
 
237 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.983697  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2376  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  48.39 
 
 
237 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.230602  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0888  amino acid ABC transporter, permease protein  51.16 
 
 
237 aa  206  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3608  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.93 
 
 
237 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.925152  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5465  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.93 
 
 
237 aa  206  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.401679  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3324  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.83 
 
 
234 aa  206  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.453192  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3795  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.47 
 
 
237 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1055  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.31 
 
 
237 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.700184  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1058  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.31 
 
 
237 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1409  histidine ABC transporter, permease protein  48.39 
 
 
237 aa  204  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169311  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1246  histidine transport system permease protein  51.87 
 
 
492 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217158  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1378  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
238 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2594  histidine transport system permease protein  49.77 
 
 
636 aa  203  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2926  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  49.77 
 
 
237 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.353786  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1475  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.46 
 
 
238 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.480375  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1540  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.91 
 
 
238 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1430  histidine ABC transporter, permease protein HisM  47.91 
 
 
238 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00742165  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1772  amino acid ABC transporter, permease protein  49.31 
 
 
237 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0351  histidine transport system permease HisM  47.91 
 
 
238 aa  202  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0315453  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1555  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.77 
 
 
237 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.413739  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2788  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
238 aa  202  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.133608  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47 
 
 
237 aa  202  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.503523  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.47 
 
 
246 aa  201  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02232  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1349  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.184069  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2601  histidine ABC transporter, permease protein HisM  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0344679  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02192  hypothetical protein  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2685  histidine ABC transporter, permease protein HisM  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.334636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3447  histidine ABC transporter, permease protein HisM  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.885693  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2463  histidine ABC transporter, permease protein HisM  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.624067  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1345  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.2 
 
 
238 aa  201  8e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.470643  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0588  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein, putative  49.31 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1740  putative arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  49.31 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190348  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2731  histidine transport system permease protein  49.31 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.789537  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2430  putative arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  49.31 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.304231  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2861  putative arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  49.31 
 
 
237 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7502  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.58 
 
 
236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2790  histidine ABC transporter, permease protein HisM  48.85 
 
 
237 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.628987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>