More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0456 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 302 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 299 aa  241  9e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 293 aa  179  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 296 aa  177  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  35.69 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 291 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.86 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 297 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 305 aa  152  5e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.76 
 
 		 317 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  149  7e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  33.9 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  34.47 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  34.27 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.47 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  34.01 
 
 		 322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  36.68 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4369  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 324 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  32.42 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 299 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  31.16 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.79 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0478  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0101609  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  30.82 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 296 aa  142  6e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4402  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 319 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.74 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>