More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0340 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0340  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 352 aa  708    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.988078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0386  periplasmic polyamine binding protein  70.74 
 
 		 353 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03855  periplasmic polyamine binding protein  72.24 
 
 		 353 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  37.36 
 
 		 369 aa  265  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.83 
 
 		 369 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2642  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  40.56 
 
 		 366 aa  262  6e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00909614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1061  extracellular solute-binding protein  40.28 
 
 		 366 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48760  Polyamine transporter periplasmic protein PotF  41.12 
 
 		 371 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.87 
 
 		 370 aa  259  6e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.88 
 
 		 363 aa  258  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5307  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.08 
 
 		 365 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4865  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 		 365 aa  258  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2898  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 362 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.88 
 
 		 363 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0391  polyamine transport protein  36.59 
 
 		 367 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03920  polyamine transport protein  36.24 
 
 		 367 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.837862  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  38.2 
 
 		 362 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  36.52 
 
 		 371 aa  256  5e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 362 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2607  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.94 
 
 		 367 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0882  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  36.03 
 
 		 370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0132  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 		 367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.911312  normal  0.781797 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0982  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.59 
 
 		 371 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.156512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1011  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.59 
 
 		 371 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1030  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.59 
 
 		 371 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.491177  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.71 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  36.03 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.03 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  37.81 
 
 		 365 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0914  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.59 
 
 		 371 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  37.81 
 
 		 365 aa  252  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3845  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  35.54 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.803653  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 362 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5390  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.110702  normal  0.0735387 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5341  ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein, putative  37.91 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.169562  hitchhiker  0.0000795436 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  38.59 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.93 
 
 		 369 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.93 
 
 		 369 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.93 
 
 		 369 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5250  extracellular solute-binding protein  37.91 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.258715  normal  0.223188 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.73 
 
 		 369 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30570  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  38.64 
 
 		 367 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.720588 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0950  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  36.31 
 
 		 371 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  38.79 
 
 		 366 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 		 364 aa  249  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  38.51 
 
 		 366 aa  249  7e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  38.79 
 
 		 366 aa  249  7e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3000  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 		 387 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00190221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  38.51 
 
 		 366 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0103  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  37.92 
 
 		 369 aa  246  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 387 aa  246  6e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 		 387 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3532  extracellular solute-binding protein  39.94 
 
 		 367 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2045  extracellular solute-binding protein  36.57 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.76929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2677  extracellular solute-binding protein  35 
 
 		 361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0163621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5405  extracellular solute-binding protein  35.11 
 
 		 370 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.948456  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 		 365 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5181  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.34 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0282  extracellular solute-binding protein  36.63 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.443093  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5088  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 365 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.781791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2188  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 367 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  37.09 
 
 		 365 aa  242  9e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2117  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 365 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.428561  normal  0.337405 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1203  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 361 aa  240  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5404  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 		 375 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000245963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 		 368 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 		 363 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  37.85 
 
 		 366 aa  239  5e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 		 364 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0973  extracellular solute-binding protein  36.49 
 
 		 366 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0429024  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3719  periplasmic polyamine-binding protein, putative  35.73 
 
 		 367 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0307875  normal  0.343759 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1270  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  36.68 
 
 		 367 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 401 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5180  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.62 
 
 		 364 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5087  extracellular solute-binding protein  36.62 
 
 		 364 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.940444  normal  0.403458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3031  extracellular solute-binding protein  36.24 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000047309  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3260  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 366 aa  235  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3989  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.17 
 
 		 363 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15996  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  35.67 
 
 		 364 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  35.21 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.99 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29090  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.89 
 
 		 363 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000591806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5632  extracellular solute-binding protein  36.31 
 
 		 366 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0464998  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 368 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 		 369 aa  232  6e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4305  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.330747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4501  extracellular solute-binding protein family 1  35.91 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.410168  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5306  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  36.95 
 
 		 374 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4864  extracellular solute-binding protein  36.66 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 		 364 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  32.27 
 
 		 362 aa  229  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 366 aa  229  5e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>