More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3193 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3193  ribosome recycling factor  100 
 
 		 187 aa  382  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2032  ribosome recycling factor  65.78 
 
 		 186 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1159  ribosome recycling factor  64.71 
 
 		 186 aa  251  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1116  ribosome recycling factor  64.71 
 
 		 186 aa  251  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3994  ribosome recycling factor  61.54 
 
 		 187 aa  247  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2152  ribosome recycling factor  62.7 
 
 		 188 aa  247  9e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1589  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 191 aa  246  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.609942  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1363  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 188 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00468039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1413  ribosome recycling factor  62.09 
 
 		 187 aa  246  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.889728  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1383  ribosome recycling factor  62.09 
 
 		 186 aa  245  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.103554  normal  0.0434538 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2706  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 188 aa  245  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.957438  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1494  ribosome recycling factor  64.2 
 
 		 188 aa  244  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.280653  normal  0.717223 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4436  ribosome recycling factor  62.03 
 
 		 187 aa  243  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000669828 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3832  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 186 aa  240  7e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0586  ribosome recycling factor  62.5 
 
 		 186 aa  239  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.138909  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0632  ribosome recycling factor  60.96 
 
 		 187 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.330477  hitchhiker  0.00509823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0300  ribosome recycling factor  60.44 
 
 		 186 aa  237  5.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0653192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1856  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 187 aa  234  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791714  normal  0.0290341 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2458  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 243 aa  234  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401081 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2360  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.22214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2086  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.192418  normal  0.15793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1537  ribosome recycling factor  59.36 
 
 		 187 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1697  ribosome recycling factor  59.89 
 
 		 194 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1957  ribosome recycling factor  60.56 
 
 		 184 aa  232  2.0000000000000002e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3446  ribosome recycling factor  58.82 
 
 		 187 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0960945  normal  0.455289 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4514  ribosome recycling factor  57.75 
 
 		 187 aa  231  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.167395  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  59.34 
 
 		 186 aa  231  6e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2046  ribosome recycling factor  59.36 
 
 		 187 aa  231  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.89448  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2825  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 187 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2439  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 187 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.66949  normal  0.174209 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2854  ribosome recycling factor  58.29 
 
 		 187 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.144432  normal  0.265175 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0370  ribosome recycling factor  58.6 
 
 		 188 aa  228  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0210399  normal  0.193594 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1134  ribosome recycling factor  57.69 
 
 		 186 aa  225  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1586  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1779  ribosome recycling factor  56.59 
 
 		 186 aa  222  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1384  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 186 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2521  ribosome recycling factor  54.95 
 
 		 186 aa  218  3e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.277739  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2554  ribosome recycling factor  56.45 
 
 		 188 aa  218  3.9999999999999997e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0463  ribosome recycling factor  56.8 
 
 		 185 aa  208  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1372  ribosome recycling factor  58.79 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0601267  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  50.8 
 
 		 186 aa  201  7e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2802  ribosome recycling factor  56.32 
 
 		 188 aa  201  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00257577  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  52.78 
 
 		 185 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  51.11 
 
 		 185 aa  190  9e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  51.08 
 
 		 186 aa  190  1e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 187 aa  187  5.999999999999999e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 186 aa  187  7e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0528  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 185 aa  186  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 184 aa  185  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  184  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  46.99 
 
 		 185 aa  182  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  47.22 
 
 		 185 aa  181  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  48.33 
 
 		 185 aa  181  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  48.89 
 
 		 185 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  49.72 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  178  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 184 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3928  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.119713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  47.16 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1963  ribosome recycling factor  48.3 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.566814  normal  0.0766357 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0356  ribosome recycling factor  51.45 
 
 		 173 aa  176  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0472189  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2016  ribosome recycling factor  44.94 
 
 		 185 aa  176  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 192 aa  175  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 185 aa  175  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 183 aa  174  6e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  48.86 
 
 		 186 aa  174  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  174  7e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 185 aa  174  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 173 aa  173  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  44.38 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  45.51 
 
 		 182 aa  172  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  46.07 
 
 		 186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 185 aa  172  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  46.67 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>