More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1863 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  423  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  47.6 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  47.6 
 
 		 208 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  42.79 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  45.19 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  45.19 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 208 aa  174  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 207 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  43.96 
 
 		 207 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 236 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  41.83 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 205 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 		 208 aa  165  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  42.18 
 
 		 207 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 206 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  41.71 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 205 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 204 aa  147  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  43.27 
 
 		 204 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  38.94 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 204 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  38.94 
 
 		 207 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 204 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  38.39 
 
 		 220 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  36.36 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 232 aa  122  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.49 
 
 		 213 aa  122  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 213 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 210 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  32.68 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.95 
 
 		 202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  32.21 
 
 		 210 aa  111  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 203 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  33.02 
 
 		 210 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 215 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 212 aa  104  8e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4335  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 194 aa  104  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 210 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 239 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1960  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.16 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 210 aa  102  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 214 aa  101  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  30 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  101  9e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4619  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.167951  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2299  two component LuxR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.69 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  30.69 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  30.69 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.61 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1667  two component LuxR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 219 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.869411 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  30.69 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 219 aa  99.8  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.61 
 
 		 215 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.04 
 
 		 210 aa  99.8  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121621 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.2 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  30.2 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  30.2 
 
 		 210 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  30.2 
 
 		 210 aa  99  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4505  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 		 225 aa  99  5e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4137  response regulator receiver  33.81 
 
 		 225 aa  99  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  30.14 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 213 aa  98.6  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 		 220 aa  98.2  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.69 
 
 		 218 aa  98.2  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  31.28 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  29.19 
 
 		 214 aa  97.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1676  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.47 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2126  LuxR family DNA-binding response regulator  30.84 
 
 		 219 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118459  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.79 
 
 		 211 aa  96.7  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 213 aa  96.7  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3615  two component LuxR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 219 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378192  normal  0.274637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 219 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.118638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 221 aa  95.9  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 207 aa  95.5  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3789  response regulator receiver  32.7 
 
 		 228 aa  95.5  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0916709 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>