More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4322 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  98.55 
 
 		 207 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  98.55 
 
 		 236 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  90.38 
 
 		 208 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  83.57 
 
 		 208 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  83.57 
 
 		 208 aa  355  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  83.57 
 
 		 208 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  61.84 
 
 		 212 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 208 aa  266  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 206 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  58.74 
 
 		 207 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 205 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 205 aa  250  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  56.8 
 
 		 207 aa  246  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  56.8 
 
 		 207 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.88 
 
 		 208 aa  240  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  55.07 
 
 		 207 aa  236  2e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  56.52 
 
 		 209 aa  235  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  57 
 
 		 209 aa  234  7e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  58.74 
 
 		 207 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  58.74 
 
 		 207 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 210 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 212 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 204 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 232 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 213 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.29 
 
 		 213 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  42.44 
 
 		 220 aa  174  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 209 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  42.16 
 
 		 209 aa  171  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 204 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  44.66 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 204 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 210 aa  158  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 209 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  39.61 
 
 		 210 aa  158  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  39.13 
 
 		 210 aa  155  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  36.89 
 
 		 210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  36.89 
 
 		 210 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  36.27 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  36.27 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  36.27 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 		 210 aa  148  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 210 aa  148  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 		 210 aa  148  7e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 		 210 aa  148  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.5 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  35.5 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  35.5 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  35.5 
 
 		 210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  144  8.000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  37.02 
 
 		 210 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.58 
 
 		 202 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 		 199 aa  140  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.98 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 		 212 aa  132  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  34.92 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  34.92 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 212 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 		 209 aa  132  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  36.11 
 
 		 224 aa  131  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  36.11 
 
 		 224 aa  131  6.999999999999999e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.92 
 
 		 209 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  34.13 
 
 		 214 aa  131  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  35.58 
 
 		 214 aa  130  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 216 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 215 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 207 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 		 216 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.55 
 
 		 213 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 215 aa  128  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 213 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 211 aa  127  9.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.51 
 
 		 213 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  35.1 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 		 211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  35.44 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 212 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 214 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 214 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.72 
 
 		 224 aa  125  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  34.95 
 
 		 219 aa  125  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>