More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1131 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  486  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 
207 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  98.55 
 
 
207 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  90.38 
 
 
208 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  83.09 
 
 
208 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  83.09 
 
 
208 aa  354  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  82.61 
 
 
208 aa  350  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  61.24 
 
 
212 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  61.84 
 
 
208 aa  266  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  61.17 
 
 
206 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  58.74 
 
 
205 aa  254  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  58.74 
 
 
207 aa  254  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  57.77 
 
 
205 aa  251  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  56.8 
 
 
207 aa  246  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  56.8 
 
 
207 aa  245  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.39 
 
 
208 aa  239  4e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  54.59 
 
 
207 aa  234  6e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  56.73 
 
 
209 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  57.21 
 
 
209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  58.25 
 
 
207 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  58.25 
 
 
207 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
204 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
232 aa  186  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  43 
 
 
212 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 
210 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.78 
 
 
213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  42.44 
 
 
220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
209 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  42.16 
 
 
209 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
204 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  44.66 
 
 
204 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 
204 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
209 aa  158  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
210 aa  158  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  39.61 
 
 
210 aa  158  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  39.13 
 
 
210 aa  155  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  37.38 
 
 
210 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  38.35 
 
 
210 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  38.35 
 
 
210 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  38.35 
 
 
210 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.5 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  35.5 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  36 
 
 
210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  35.5 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  35.5 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  36.89 
 
 
210 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.48 
 
 
204 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  35.12 
 
 
204 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.09 
 
 
202 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  35.75 
 
 
199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
213 aa  136  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1846  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.06 
 
 
212 aa  133  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.349565  normal  0.2019 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.81 
 
 
224 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
203 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 
209 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  34.92 
 
 
209 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  34.92 
 
 
209 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  34.92 
 
 
209 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
212 aa  131  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.92 
 
 
209 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  35.35 
 
 
224 aa  131  9e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  35.35 
 
 
224 aa  131  9e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.92 
 
 
209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  34.13 
 
 
214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  35.58 
 
 
214 aa  129  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
215 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 
214 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
207 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 
216 aa  128  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
211 aa  128  8.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 
215 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 
215 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  35.1 
 
 
211 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
213 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.49 
 
 
214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
215 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.55 
 
 
213 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  35.44 
 
 
219 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0459  two component LuxR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
207 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957088  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
214 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.51 
 
 
213 aa  126  3e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  37.74 
 
 
214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  37.74 
 
 
214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.12 
 
 
211 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
216 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  36.23 
 
 
206 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>