More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3412 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 204 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  99.51 
 
 		 204 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  96.06 
 
 		 204 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  83.25 
 
 		 204 aa  345  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 208 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  47.37 
 
 		 208 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  47.37 
 
 		 209 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  46.89 
 
 		 209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 205 aa  188  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  42.65 
 
 		 207 aa  188  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 205 aa  187  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 208 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 207 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  44.66 
 
 		 207 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  43 
 
 		 212 aa  184  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 207 aa  184  9e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  49.51 
 
 		 207 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  49.51 
 
 		 207 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  42.72 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  42.72 
 
 		 207 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.32 
 
 		 208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 209 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  35.89 
 
 		 220 aa  144  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000781929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 210 aa  142  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.99 
 
 		 204 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  33.17 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 214 aa  138  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 212 aa  135  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 213 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 215 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  36.41 
 
 		 210 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 210 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  35.1 
 
 		 209 aa  130  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  36.41 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  36.95 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  36.95 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  36.95 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  36.95 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  36.95 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.76 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.76 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  36.63 
 
 		 210 aa  127  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 214 aa  124  8.000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 213 aa  124  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  35.47 
 
 		 214 aa  123  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4250  two component LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0192  response regulator transcription regulator protein  37.8 
 
 		 215 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.028731 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 207 aa  121  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  35.75 
 
 		 211 aa  121  9e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  35.75 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 264 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 215 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.18 
 
 		 202 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 215 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 215 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  32.37 
 
 		 214 aa  118  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  34.29 
 
 		 215 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 213 aa  118  6e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  34.31 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.86 
 
 		 223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 208 aa  116  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.27 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.31 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.31 
 
 		 209 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  31.88 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  34.93 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.46 
 
 		 217 aa  115  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5903  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 215 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.68975  normal  0.398777 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  31.88 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  31.88 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  32.85 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  31.88 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>