More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3466 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3466  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  605  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 309 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  39.77 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3454  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 418 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.321587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3023  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3374  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0798334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 325 aa  155  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.54 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3467  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.39067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0682  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.670623 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3404  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2609  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.424876  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.46 
 
 		 300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4286  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.255291  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 315 aa  105  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.16 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 305 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 316 aa  102  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.2 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.9 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.53 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.9 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 319 aa  99  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3423  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 289 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000235779 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2000  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 289 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.504431  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.55 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.55 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 314 aa  97.4  3e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.98 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>