More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2809 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
273 aa  534  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.726437 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2567  putative sulfolipid biosynthesis protein  55.36 
 
 
271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.64 
 
 
271 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1956  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.93 
 
 
271 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.307434  normal  0.606516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.44 
 
 
301 aa  208  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.01 
 
 
305 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.7 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.89 
 
 
301 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
332 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.75 
 
 
321 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.84 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.75 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.35 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.35 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.35 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.35 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  31.35 
 
 
321 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.62 
 
 
321 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
320 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.667307 
 
 
-
 
NC_004310  BR0715  epimerase/dehydratase family protein, putative  38.22 
 
 
289 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.186861  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
300 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581323  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.36 
 
 
307 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.75 
 
 
321 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0706  putative epimerase/dehydratase family protein  38.22 
 
 
290 aa  72  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
321 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  32.14 
 
 
324 aa  70.1  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3502  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.37 
 
 
347 aa  68.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.143523  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  33.33 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
307 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
304 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
304 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.34 
 
 
287 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3457  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.08 
 
 
508 aa  67  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.291016  normal  0.0152952 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  30.61 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1844  UDP-glucose 4-epimerase  29.26 
 
 
309 aa  66.6  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
320 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
304 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.11 
 
 
304 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
320 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
318 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1625  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
293 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
306 aa  61.6  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  28.1 
 
 
317 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 
327 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
320 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0750302  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.7 
 
 
318 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0795  UDP-glucose 4-epimerase  30.73 
 
 
327 aa  61.2  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  29.33 
 
 
323 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
303 aa  60.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.63 
 
 
361 aa  60.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.77 
 
 
323 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
323 aa  60.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0739  UDP-glucose 4-epimerase  30.17 
 
 
327 aa  60.1  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.209358  hitchhiker  0.00614298 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  28.2 
 
 
329 aa  59.7  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0024  UDP-glucose 4-epimerase  27.75 
 
 
332 aa  59.3  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
315 aa  59.3  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0171245  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  24.02 
 
 
328 aa  58.9  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
310 aa  58.9  0.00000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.82 
 
 
324 aa  58.9  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0589  sugar epimerase family protein  26.59 
 
 
321 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
313 aa  58.5  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
338 aa  58.5  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.05 
 
 
319 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
308 aa  58.5  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
315 aa  58.5  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
309 aa  58.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4903  UDP-glucose 4-epimerase  29.41 
 
 
320 aa  58.5  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.027411  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1984  UDP-glucose 4-epimerase  29.22 
 
 
318 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2241  dihydroflavonol-4-reductase family protein  31.85 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.33 
 
 
297 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  30.59 
 
 
724 aa  57.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.21 
 
 
295 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.05 
 
 
330 aa  58.2  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
313 aa  57.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
315 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.21 
 
 
295 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.35 
 
 
322 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
352 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
304 aa  57  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.17 
 
 
320 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  29.71 
 
 
302 aa  56.6  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  31.76 
 
 
319 aa  56.6  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
312 aa  56.6  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0661585  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  27.32 
 
 
323 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  29.52 
 
 
303 aa  56.2  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2007  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.67 
 
 
331 aa  56.2  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
318 aa  55.8  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
326 aa  55.8  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
335 aa  55.5  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.04 
 
 
321 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
314 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>