253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0566 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
338 aa  682    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  71.85 
 
 
342 aa  525  1e-148  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  72.51 
 
 
342 aa  523  1e-147  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  70.18 
 
 
342 aa  511  1e-144  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  49.86 
 
 
358 aa  334  2e-90  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 
351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  42.61 
 
 
351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  43.95 
 
 
354 aa  248  1e-64  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  41.57 
 
 
357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  41 
 
 
359 aa  239  4e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.6 
 
 
359 aa  237  2e-61  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.94 
 
 
356 aa  236  3e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  40.06 
 
 
359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.77 
 
 
352 aa  226  3e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  38.62 
 
 
354 aa  225  1e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  38.51 
 
 
351 aa  223  4e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  38.15 
 
 
360 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  40 
 
 
352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  38.95 
 
 
360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 
334 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  38.4 
 
 
353 aa  210  3e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  38.04 
 
 
353 aa  200  3e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  41.64 
 
 
341 aa  200  3e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  38.86 
 
 
334 aa  195  1e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  35.17 
 
 
347 aa  191  1e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  36.23 
 
 
350 aa  189  4e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  36.62 
 
 
334 aa  167  2e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  39.43 
 
 
334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.23 
 
 
355 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  30 
 
 
353 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.69 
 
 
356 aa  139  4.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  31.7 
 
 
352 aa  138  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.79 
 
 
352 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  32.42 
 
 
349 aa  137  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  31.8 
 
 
351 aa  135  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  31.19 
 
 
355 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.58 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.64 
 
 
349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  31.83 
 
 
403 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  31.2 
 
 
348 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  31.15 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  37.02 
 
 
405 aa  112  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.31 
 
 
389 aa  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  33.78 
 
 
419 aa  105  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  27.53 
 
 
397 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  31.73 
 
 
356 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  34.85 
 
 
399 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.34 
 
 
403 aa  97.4  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.66 
 
 
403 aa  96.7  6e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  31.5 
 
 
419 aa  94.4  3e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.68 
 
 
366 aa  90.1  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  28.14 
 
 
364 aa  87.4  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  28.14 
 
 
364 aa  87.4  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  30.51 
 
 
360 aa  87  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.25 
 
 
454 aa  85.5  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  30.3 
 
 
360 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.27 
 
 
364 aa  84.7  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.12 
 
 
368 aa  84.3  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.96 
 
 
423 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  31.96 
 
 
418 aa  82.8  0.000000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4325  glycerol dehydrogenase  27.24 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4443  glycerol dehydrogenase  27.24 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0136708 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4514  glycerol dehydrogenase  27.24 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000391797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4440  glycerol dehydrogenase  27.24 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4356  glycerol dehydrogenase  27.24 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  24.84 
 
 
367 aa  79.7  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2426  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.24 
 
 
385 aa  77  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0709781  normal  0.330647 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0061  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.17 
 
 
364 aa  76.6  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  76.6  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652154 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2801  glycerol dehydrogenase  28.39 
 
 
395 aa  76.3  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03831  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4070  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1840  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.67 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  27.85 
 
 
379 aa  75.9  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3838  glycerol dehydrogenase  26 
 
 
369 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.200623 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  26.17 
 
 
365 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3796  glycerol dehydrogenase  26 
 
 
369 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0209909  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3899  glycerol dehydrogenase  26 
 
 
369 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.406608  normal  0.540531 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5406  glycerol dehydrogenase  27.16 
 
 
367 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0464  Iron-containing alcohol dehydrogenase  26.56 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.392924  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3730  glycerol dehydrogenase  26 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.53 
 
 
383 aa  73.2  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1714  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.76 
 
 
362 aa  72.8  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105051 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2109  glycerol dehydrogenase  26.27 
 
 
366 aa  71.2  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0658599  normal  0.138257 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3814  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.26 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.594531  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  27.31 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00260  glycerol dehydrogenase-like oxidoreductase  24.46 
 
 
383 aa  69.3  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.952088  normal  0.866411 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  27.13 
 
 
371 aa  68.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  27.66 
 
 
362 aa  67.8  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  26.92 
 
 
451 aa  68.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1022  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.52 
 
 
377 aa  68.6  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2460  glycerol dehydrogenase  23.85 
 
 
364 aa  68.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00567  predicted oxidoreductase  27.56 
 
 
362 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2046  glycerol dehydrogenase, putative  27 
 
 
361 aa  67  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.220349  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00556  hypothetical protein  27.56 
 
 
362 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.730411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>