More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1527 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  62.33 
 
 		 234 aa  293  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.89 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 239 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 239 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 239 aa  249  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.56 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  50.88 
 
 		 232 aa  241  5e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.67 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  52.02 
 
 		 222 aa  240  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 240 aa  240  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.9 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50.44 
 
 		 242 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.12 
 
 		 240 aa  238  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.12 
 
 		 240 aa  238  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.12 
 
 		 240 aa  238  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.12 
 
 		 240 aa  238  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 		 225 aa  238  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  49.12 
 
 		 240 aa  238  5.999999999999999e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 247 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.46 
 
 		 240 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  49.33 
 
 		 219 aa  237  9e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 241 aa  237  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 243 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  49.56 
 
 		 221 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  50 
 
 		 242 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  48.88 
 
 		 243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  49.11 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  51.12 
 
 		 227 aa  231  5e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  48.88 
 
 		 227 aa  230  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  49.56 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 227 aa  225  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 226 aa  224  8e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 230 aa  223  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  48.9 
 
 		 226 aa  223  3e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 		 226 aa  219  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.79 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.89 
 
 		 223 aa  215  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  44 
 
 		 222 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  46.7 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  43.91 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 230 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 231 aa  198  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.42 
 
 		 234 aa  194  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.54 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.3 
 
 		 234 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 227 aa  189  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 222 aa  189  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 231 aa  188  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 242 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 234 aa  187  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.72 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 231 aa  186  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.3 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0312  response regulator receiver  40.35 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0102436  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 230 aa  185  6e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  44.89 
 
 		 230 aa  184  9e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  42.04 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  36.4 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1316  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  36.4 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  44 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.13 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  43.1 
 
 		 236 aa  182  6e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1802  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.2 
 
 		 232 aa  181  7e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150286  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  36.4 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 		 237 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  36.4 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 229 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 233 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 228 aa  178  8e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>