More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2771 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
367 aa  745    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.91 
 
 
367 aa  738    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  81.74 
 
 
367 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  81.52 
 
 
366 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  78.14 
 
 
368 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  78.47 
 
 
367 aa  587  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  77.6 
 
 
368 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  79.62 
 
 
376 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  77.11 
 
 
367 aa  579  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  79.46 
 
 
376 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.8 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  64.79 
 
 
361 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  64.79 
 
 
361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.68 
 
 
366 aa  437  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  62.96 
 
 
352 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.65 
 
 
375 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.65 
 
 
375 aa  428  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.65 
 
 
375 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  61.24 
 
 
389 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  62.5 
 
 
376 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.85 
 
 
376 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  57.82 
 
 
381 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.31 
 
 
391 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.65 
 
 
375 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.37 
 
 
372 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.21 
 
 
377 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.27 
 
 
373 aa  358  8e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  53.75 
 
 
343 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.43 
 
 
386 aa  319  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  44.68 
 
 
445 aa  279  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.98 
 
 
450 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 
451 aa  276  3e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.14 
 
 
455 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  49.5 
 
 
316 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.78 
 
 
459 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.87 
 
 
478 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  50.52 
 
 
309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  53.42 
 
 
453 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.84 
 
 
468 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 
480 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 
480 aa  265  8e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.67 
 
 
473 aa  265  8e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.2 
 
 
451 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
445 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.81 
 
 
481 aa  265  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.07 
 
 
483 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.55 
 
 
478 aa  265  1e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  45.16 
 
 
466 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.2 
 
 
451 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  50.54 
 
 
316 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.33 
 
 
454 aa  263  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.07 
 
 
483 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.55 
 
 
433 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.52 
 
 
463 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.77 
 
 
447 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.47 
 
 
480 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  42.99 
 
 
437 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  49.05 
 
 
479 aa  263  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0027  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  44.38 
 
 
455 aa  263  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0029  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.38 
 
 
455 aa  263  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.59486  normal  0.125276 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.36 
 
 
495 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  54.01 
 
 
342 aa  263  4.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  53.19 
 
 
471 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.2 
 
 
451 aa  262  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.25 
 
 
433 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.1 
 
 
469 aa  262  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.26 
 
 
436 aa  262  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.79 
 
 
459 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  42.99 
 
 
437 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1619  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  46.04 
 
 
483 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.463478  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.07 
 
 
483 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.64 
 
 
459 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  52.94 
 
 
473 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  49.6 
 
 
469 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  52.34 
 
 
471 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  45.95 
 
 
471 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  41.6 
 
 
459 aa  261  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.91 
 
 
458 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  49.04 
 
 
469 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.62 
 
 
460 aa  260  3e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 
457 aa  260  3e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  46.15 
 
 
478 aa  260  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.6 
 
 
342 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.48 
 
 
459 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.5 
 
 
459 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  45.6 
 
 
342 aa  260  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.27 
 
 
463 aa  259  4e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.61 
 
 
486 aa  259  4e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.48 
 
 
469 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1812  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  45.73 
 
 
483 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558233  hitchhiker  0.00750422 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
480 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.99 
 
 
457 aa  259  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0984  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.25 
 
 
455 aa  259  6e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  45.95 
 
 
471 aa  259  7e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.64 
 
 
455 aa  259  7e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.84 
 
 
458 aa  258  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.18 
 
 
444 aa  258  8e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  43.44 
 
 
473 aa  258  1e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.21 
 
 
459 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.2 
 
 
459 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>