More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_57234 on replicon NC_009043
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009043  PICST_57234  ATP-dependent rRNA helicase RRP3  100 
 
 
396 aa  817    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0347564  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04233  ATP-dependent rRNA helicase rrp3 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B5E7]  59.61 
 
 
465 aa  487  1e-136  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.078552  normal  0.363381 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02850  ATP-dependent RNA helicase, putative  68.7 
 
 
484 aa  485  1e-136  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26724  predicted protein  54.91 
 
 
466 aa  439  9.999999999999999e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.593125  normal  0.152821 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_28984  predicted protein  50.4 
 
 
433 aa  389  1e-107  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02650  conserved hypothetical protein  47.21 
 
 
808 aa  295  1e-78  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.19 
 
 
559 aa  285  8e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10125  ATP-dependent RNA helicase (Drs1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14990)  43.45 
 
 
814 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00305342  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.45 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.43 
 
 
564 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.68 
 
 
484 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4601  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.02 
 
 
589 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.79 
 
 
466 aa  282  9e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.88 
 
 
511 aa  281  1e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.21 
 
 
448 aa  280  4e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.5 
 
 
504 aa  279  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.49 
 
 
538 aa  279  7e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2582  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.06 
 
 
556 aa  278  9e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.96 
 
 
525 aa  278  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.96 
 
 
528 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  40.96 
 
 
528 aa  278  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  40.96 
 
 
528 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119572  Ddx49-related DEAD box helicase superfamily II protein  40.86 
 
 
417 aa  278  1e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.708695  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.96 
 
 
528 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  40.96 
 
 
528 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  40.96 
 
 
525 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  40.96 
 
 
533 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.02 
 
 
557 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.02 
 
 
557 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.02 
 
 
557 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  40.91 
 
 
529 aa  276  3e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.36 
 
 
479 aa  276  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41606  predicted protein  41.76 
 
 
755 aa  276  5e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.323573 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_19237  predicted protein  41.76 
 
 
710 aa  276  6e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.554541  normal  0.150728 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.45 
 
 
607 aa  275  9e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.79 
 
 
450 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000132586  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.66 
 
 
537 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.5 
 
 
489 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.11 
 
 
493 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0577  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
640 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0430169 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.9 
 
 
484 aa  273  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0552  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
640 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0583  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.09 
 
 
640 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.9 
 
 
484 aa  273  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
640 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1225  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.86 
 
 
646 aa  273  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.115574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.31 
 
 
504 aa  273  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  37.03 
 
 
495 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0899  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.73 
 
 
537 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.74 
 
 
467 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0637  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.09 
 
 
640 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0570  DNA/RNA helicase  39.89 
 
 
432 aa  272  8.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1278000000000002e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3310  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.17 
 
 
507 aa  271  1e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3459  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.78 
 
 
624 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.319039  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.83 
 
 
493 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3701  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.06 
 
 
467 aa  271  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000590991  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4034  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.96 
 
 
623 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0566  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.84 
 
 
623 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4481  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
629 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3724  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.39 
 
 
664 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03029  ATP-dependent RNA helicase  41.34 
 
 
629 aa  270  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0543  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.34 
 
 
629 aa  270  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2715  putative ATP-dependent RNA helicase  39.89 
 
 
434 aa  270  4e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.511993  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3458  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
629 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.438364 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3424  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.96 
 
 
622 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
629 aa  270  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00419869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0512  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.96 
 
 
637 aa  270  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.782929 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02980  hypothetical protein  41.34 
 
 
629 aa  270  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40593  Dead-Box Protein 8, ATP-dependent helicase involved in rRNA processing  42.82 
 
 
445 aa  270  5e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3609  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
651 aa  269  5e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3354  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
651 aa  269  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.73 
 
 
591 aa  269  5e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3644  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.34 
 
 
651 aa  269  5e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.46 
 
 
489 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4001  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.39 
 
 
664 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3590  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.39 
 
 
664 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.53 
 
 
643 aa  269  5.9999999999999995e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.173354  decreased coverage  0.00154512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.81 
 
 
610 aa  269  7e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00643169 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0495  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.09 
 
 
653 aa  269  8e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.148315  normal  0.959969 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05770  DNA/RNA helicase, superfamily II  40.86 
 
 
551 aa  268  8.999999999999999e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000174624  hitchhiker  0.00467584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2833  DEAD/DEAH box helicase-like  42.42 
 
 
503 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.900807  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.89 
 
 
482 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0528  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.68 
 
 
622 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3340  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.5 
 
 
621 aa  268  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  40.78 
 
 
589 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.06 
 
 
629 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3536  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.06 
 
 
629 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3467  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.06 
 
 
629 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  40.17 
 
 
510 aa  267  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0636  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.53 
 
 
605 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0593463 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3573  ATP-dependent RNA helicase DeaD  41.06 
 
 
629 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.57 
 
 
599 aa  267  2e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.68 
 
 
619 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3599  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.5 
 
 
655 aa  267  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00604869 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.05 
 
 
494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0591  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.22 
 
 
625 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0814  ATP-dependent RNA helicase DeaD  40.5 
 
 
632 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0212558  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_14032  predicted protein  42.23 
 
 
467 aa  267  2.9999999999999995e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0531  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.68 
 
 
599 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1989  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.19 
 
 
597 aa  266  4e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.805069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>