More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0729 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
127 aa  254  2e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120053  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2667  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.42 
 
 
127 aa  168  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3062  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.48 
 
 
127 aa  160  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.196503  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.35 
 
 
138 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.435564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.77 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.72 
 
 
125 aa  107  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3669  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.52 
 
 
127 aa  103  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.38 
 
 
130 aa  92.4  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0848  TonB system transport protein ExbD  34.48 
 
 
128 aa  84.3  4e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000199461  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  32.48 
 
 
127 aa  81.3  0.000000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1369  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
133 aa  80.5  0.000000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2158  TonB system transport protein ExbD  38.66 
 
 
131 aa  80.1  0.000000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1241  TonB system transport protein ExbD  32.76 
 
 
126 aa  79.7  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.977225  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
127 aa  79  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1568  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.65 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.969872  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0283  TonB system transport protein ExbD  31.36 
 
 
126 aa  75.1  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0717  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
126 aa  74.3  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.962323  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.06 
 
 
159 aa  72.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1650  TonB system transport protein ExbD  35.85 
 
 
129 aa  72  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.351181  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0690  biopolymer transport protein  33.62 
 
 
132 aa  71.2  0.000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0276966  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0467  TonB system transport protein ExbD  29.91 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
135 aa  70.5  0.000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
135 aa  69.7  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.45 
 
 
125 aa  67.8  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  31.54 
 
 
153 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  31.54 
 
 
153 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
128 aa  67  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  31.54 
 
 
153 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1620  biopolymer transport exbD protein  31.13 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.916703  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1801  biopolymer transport exbD protein  31.13 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.221711  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1988  biopolymer transport exbD protein  31.13 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
166 aa  63.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
131 aa  63.2  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  33.06 
 
 
152 aa  62  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0117  TonB system transport protein ExbD, putative  32.03 
 
 
129 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000384782  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0145  TonB system transport protein ExbD, putative  32.03 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000057869  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0105  TonB system transport protein ExbD, putative  32.03 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.664696  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0879  TonB system transport protein ExbD  30.28 
 
 
127 aa  62  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
150 aa  60.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.31 
 
 
141 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.45 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  29.69 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
134 aa  60.1  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
155 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  26.92 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  30.25 
 
 
155 aa  58.5  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  29.41 
 
 
146 aa  58.2  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  31.71 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
136 aa  57.4  0.00000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  26.28 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  28.35 
 
 
167 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  26.28 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  30.83 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
135 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  26.92 
 
 
141 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.03 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.84 
 
 
138 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  30.89 
 
 
135 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
149 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
134 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  29.01 
 
 
145 aa  53.9  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.82 
 
 
149 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  32.77 
 
 
138 aa  52.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  28.79 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  31.97 
 
 
158 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
137 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
140 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  26.15 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  27.78 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0690  ExbDTolR family transport protein  30 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.00894494  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  26.15 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  26.15 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
148 aa  53.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.76 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  30.4 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0198  TonB system transport protein ExbD  33.08 
 
 
128 aa  52.4  0.000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00125254  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  27.5 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
155 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
145 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
162 aa  52  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.81 
 
 
132 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  28.36 
 
 
157 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.41 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  24.41 
 
 
133 aa  51.6  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
134 aa  52  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.81 
 
 
132 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 
143 aa  51.6  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.38 
 
 
173 aa  51.6  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  27.13 
 
 
145 aa  51.6  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
151 aa  51.2  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.25 
 
 
146 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.55 
 
 
154 aa  51.2  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
142 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.24 
 
 
138 aa  51.2  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
145 aa  51.2  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>