More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1036 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1036  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 331 aa  653    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3565  transcriptional regulator, LysR family  64.83 
 
 		 310 aa  318  1e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167033  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10370  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0429972  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0644  regulatory protein, LysR  38.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.19 
 
 		 289 aa  86.3  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  26.64 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  24.16 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.31 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 297 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 320 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 289 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.16 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2030  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 317 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  30.84 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.77 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  31.84 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  22.44 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  28 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2369  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  27.97 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>