More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0065 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  100 
 
 		 282 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  70.11 
 
 		 281 aa  371  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  70.11 
 
 		 281 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  50.36 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3908  inner-membrane translocator  49.45 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3795  inner-membrane translocator  49.45 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.189427 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.35 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.22 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  37.69 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0733  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 315 aa  172  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  40.86 
 
 		 328 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 317 aa  168  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  42.46 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 319 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36.76 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2266  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0901269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 407 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 357 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  40.15 
 
 		 332 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 407 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1427  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 286 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.732914  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 318 aa  160  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  39.68 
 
 		 321 aa  157  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.39 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  40.45 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 415 aa  156  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 328 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4911  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.38743 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1213  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 376 aa  152  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  38.75 
 
 		 321 aa  152  7e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  37.24 
 
 		 389 aa  151  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  40 
 
 		 360 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.01 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.78 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2494  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272138  hitchhiker  0.00284641 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 407 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 562 aa  149  7e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 393 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.8 
 
 		 418 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.8 
 
 		 418 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.51 
 
 		 421 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.8 
 
 		 418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.8 
 
 		 418 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  39.52 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.8 
 
 		 421 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.71 
 
 		 423 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.67 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 327 aa  143  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 349 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  38.55 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  34.69 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 452 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 386 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.77 
 
 		 663 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 372 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  37.83 
 
 		 324 aa  139  3.9999999999999997e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 336 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.67 
 
 		 412 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 335 aa  139  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 443 aa  139  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 348 aa  137  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 360 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  32.82 
 
 		 362 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.06 
 
 		 427 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.42 
 
 		 425 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  35.46 
 
 		 646 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 345 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3334  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 388 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.9 
 
 		 463 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>