More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6070 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  586  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  94.97 
 
 		 299 aa  555  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  78.01 
 
 		 314 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  78.01 
 
 		 314 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  77.66 
 
 		 298 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  77.89 
 
 		 298 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  64.56 
 
 		 293 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 296 aa  345  7e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 321 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  52.1 
 
 		 297 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 294 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  44.76 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 296 aa  188  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.01 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 285 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3501  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.828341  normal  0.395337 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.89 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 303 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2377  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5716  transcriptional regulator LysR family  37.37 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.8 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.68 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.29 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4077  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 291 aa  145  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.63 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5664  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318296 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.29 
 
 		 294 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.06 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  35.96 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3324  transcriptional regulator LysR family  34.78 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.54 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 326 aa  143  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>