More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0657 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 		 298 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  53.55 
 
 		 307 aa  285  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  53.41 
 
 		 302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 294 aa  272  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 299 aa  252  7e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  44.63 
 
 		 295 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 317 aa  235  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  42.01 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  42.01 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 306 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  41.49 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  41.49 
 
 		 306 aa  195  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  38.14 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  38.14 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  35.79 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.04 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  38.04 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  34.15 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 289 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 296 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.43 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  36.96 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  36.96 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  36.96 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.2 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 295 aa  172  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  41.83 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>