104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0208 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  84.83 
 
 
431 aa  748    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  70.8 
 
 
431 aa  645    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  86.28 
 
 
429 aa  751    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  77.32 
 
 
433 aa  696    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  85.17 
 
 
415 aa  729    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  74.81 
 
 
426 aa  646    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
435 aa  889    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  71.62 
 
 
433 aa  659    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  71.03 
 
 
431 aa  649    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  74.31 
 
 
427 aa  645    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  84.05 
 
 
422 aa  724    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  73.93 
 
 
420 aa  632  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  70.64 
 
 
429 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  60.19 
 
 
432 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  59.95 
 
 
432 aa  510  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  59.47 
 
 
429 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  58.99 
 
 
421 aa  490  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  57.97 
 
 
421 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  57.72 
 
 
421 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  47.52 
 
 
421 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  46.63 
 
 
435 aa  357  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  36.83 
 
 
428 aa  293  6e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  34.33 
 
 
435 aa  280  5e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  33.84 
 
 
412 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  36.2 
 
 
405 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  35.21 
 
 
427 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  33.76 
 
 
398 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  33.5 
 
 
398 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  33.41 
 
 
423 aa  247  4e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  33.94 
 
 
396 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  31.57 
 
 
437 aa  201  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  33.25 
 
 
406 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.9 
 
 
389 aa  103  7e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.55 
 
 
392 aa  93.6  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.07 
 
 
345 aa  73.6  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  23.24 
 
 
374 aa  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  23.47 
 
 
360 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.69 
 
 
348 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.69 
 
 
348 aa  61.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 
351 aa  58.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
357 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
357 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  23.9 
 
 
362 aa  58.2  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  22.14 
 
 
398 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.4 
 
 
348 aa  53.5  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.67 
 
 
342 aa  52.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 
357 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  22.06 
 
 
343 aa  52.4  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4671  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.68 
 
 
361 aa  51.2  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.728612  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.99 
 
 
366 aa  51.6  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  22.67 
 
 
343 aa  51.6  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  23.32 
 
 
354 aa  51.2  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  22.26 
 
 
360 aa  50.8  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
355 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4498  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
352 aa  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  23.34 
 
 
357 aa  49.7  0.00009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.02 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3886  extracellular solute-binding protein  23.22 
 
 
358 aa  49.7  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.02 
 
 
364 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 
350 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  23.08 
 
 
371 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  21.99 
 
 
360 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  24.19 
 
 
356 aa  48.9  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.3 
 
 
484 aa  48.9  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.45 
 
 
367 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  21.52 
 
 
348 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  21.52 
 
 
348 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 
343 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  21.58 
 
 
358 aa  47.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.52 
 
 
348 aa  47  0.0007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  26.79 
 
 
348 aa  47  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.74 
 
 
364 aa  46.6  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  23.89 
 
 
365 aa  46.6  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.74 
 
 
364 aa  46.6  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.74 
 
 
364 aa  46.6  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  22.12 
 
 
349 aa  46.6  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  20.28 
 
 
374 aa  45.8  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2394  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.12 
 
 
358 aa  46.2  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.1 
 
 
369 aa  46.6  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  21.21 
 
 
412 aa  45.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  21.5 
 
 
349 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 
350 aa  44.7  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.55 
 
 
364 aa  44.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3222  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
355 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
343 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1340  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  21.18 
 
 
349 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  21.18 
 
 
349 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  20.77 
 
 
346 aa  44.3  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 
343 aa  43.9  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>