More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_2498 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  100 
 
 
282 aa  576  1.0000000000000001e-163  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  39.93 
 
 
282 aa  231  1e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  40.07 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
284 aa  177  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  34.16 
 
 
284 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  34.16 
 
 
284 aa  171  9e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  31.79 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  31.76 
 
 
280 aa  155  1e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
280 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.06 
 
 
287 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  32.17 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2377  transcriptional regulator, RpiR family  37.65 
 
 
170 aa  130  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.202782  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 
333 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2047  RpiR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
176 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.573042  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
284 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 
304 aa  127  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.57 
 
 
291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
287 aa  126  3e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.33 
 
 
279 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.33 
 
 
279 aa  126  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.33 
 
 
279 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  30.25 
 
 
288 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.25 
 
 
288 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.56 
 
 
282 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
338 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.92 
 
 
289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.5 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.5 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.39 
 
 
290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.43 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.39 
 
 
290 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.39 
 
 
290 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
285 aa  120  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 
293 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 
282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.8 
 
 
289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  25.98 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.01 
 
 
290 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  29.69 
 
 
292 aa  119  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  29.18 
 
 
289 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.96 
 
 
281 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.62 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 
287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.09 
 
 
296 aa  116  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  27.09 
 
 
296 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.09 
 
 
296 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
273 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 
289 aa  116  5e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  26.69 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  26.69 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  27.95 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  27.73 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 
287 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
287 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
287 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  29.15 
 
 
293 aa  113  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.34 
 
 
287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
287 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
287 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
293 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
293 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
293 aa  112  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
280 aa  112  6e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
280 aa  112  6e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  25.9 
 
 
289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  24.44 
 
 
282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.5 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  26.56 
 
 
287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
306 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.24 
 
 
284 aa  110  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.36 
 
 
299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
296 aa  109  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2814  transcriptional regulator, RpiR family  27.63 
 
 
285 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
281 aa  108  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>