More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1501 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  66.28 
 
 
1007 aa  1405    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  68.77 
 
 
1016 aa  1475    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  41.5 
 
 
1031 aa  773    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.35 
 
 
1041 aa  783    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.87 
 
 
1037 aa  811    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
1034 aa  2125    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  64.05 
 
 
1033 aa  1340    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.8 
 
 
1038 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  62.81 
 
 
1014 aa  1333    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  47.12 
 
 
989 aa  909    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  42.69 
 
 
1037 aa  808    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.7 
 
 
1038 aa  765    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  67.79 
 
 
1013 aa  1455    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  66.54 
 
 
1009 aa  1395    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  71.64 
 
 
1015 aa  1548    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.5 
 
 
953 aa  630  1e-179  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.49 
 
 
974 aa  631  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  37.94 
 
 
963 aa  575  1.0000000000000001e-162  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  37.01 
 
 
1294 aa  567  1e-160  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.21 
 
 
929 aa  568  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.21 
 
 
929 aa  568  1e-160  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  35.87 
 
 
930 aa  544  1e-153  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.08 
 
 
989 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.6 
 
 
1015 aa  445  1e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.43 
 
 
984 aa  442  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.49 
 
 
990 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.66 
 
 
999 aa  436  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.7 
 
 
1025 aa  439  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.04 
 
 
1032 aa  435  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.31 
 
 
1023 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  33.04 
 
 
1032 aa  435  1e-120  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.16 
 
 
990 aa  432  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.3 
 
 
1015 aa  422  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  34.26 
 
 
872 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  29.38 
 
 
1174 aa  302  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.59 
 
 
1061 aa  299  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.93 
 
 
1075 aa  298  3e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  28.6 
 
 
996 aa  298  3e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.52 
 
 
1039 aa  295  3e-78  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.01 
 
 
1076 aa  293  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.89 
 
 
1061 aa  291  6e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.92 
 
 
1077 aa  286  1.0000000000000001e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  32.47 
 
 
1066 aa  283  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.63 
 
 
1041 aa  281  3e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.26 
 
 
1082 aa  278  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  29.4 
 
 
1095 aa  274  6e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.3 
 
 
1042 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  31.11 
 
 
881 aa  228  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.63 
 
 
1030 aa  205  3e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.51 
 
 
1023 aa  189  3e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.91 
 
 
1012 aa  171  6e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.55 
 
 
1034 aa  167  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.6 
 
 
1042 aa  155  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.77 
 
 
1084 aa  154  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.65 
 
 
1068 aa  151  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.13 
 
 
1044 aa  148  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.98 
 
 
1020 aa  148  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.97 
 
 
1010 aa  147  7.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.56 
 
 
1038 aa  147  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.57 
 
 
1030 aa  146  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.23 
 
 
1031 aa  145  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.06 
 
 
1028 aa  145  4e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.07 
 
 
967 aa  144  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  25.07 
 
 
967 aa  144  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.99 
 
 
1044 aa  142  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2281  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.04 
 
 
986 aa  141  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000865916 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  25.18 
 
 
1069 aa  141  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.59 
 
 
1055 aa  140  8.999999999999999e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.15 
 
 
1034 aa  140  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.96 
 
 
1077 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.61 
 
 
1096 aa  138  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.58 
 
 
1097 aa  138  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.14 
 
 
1046 aa  139  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.98 
 
 
1054 aa  138  6.0000000000000005e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.14 
 
 
974 aa  137  9e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.8 
 
 
1029 aa  137  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.31 
 
 
1029 aa  136  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  22.44 
 
 
1041 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.33 
 
 
1046 aa  134  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.18 
 
 
1067 aa  134  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.72 
 
 
1092 aa  134  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.28 
 
 
1107 aa  134  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.82 
 
 
1027 aa  133  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.67 
 
 
1031 aa  132  3e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.81 
 
 
979 aa  132  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.67 
 
 
1053 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.42 
 
 
1063 aa  132  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  23.04 
 
 
1059 aa  131  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.18 
 
 
984 aa  131  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.62 
 
 
1026 aa  131  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  24.64 
 
 
1033 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.88 
 
 
1065 aa  129  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.41 
 
 
984 aa  129  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.84 
 
 
1027 aa  129  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.42 
 
 
1035 aa  128  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  24.93 
 
 
1072 aa  128  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.64 
 
 
1068 aa  127  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  22.66 
 
 
1039 aa  126  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.6 
 
 
1045 aa  126  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.96 
 
 
1075 aa  126  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>