More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3569 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3569  regulatory protein LysR  100 
 
 		 324 aa  640    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3248  regulatory protein LysR  39.66 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.189666  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3664  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1060  regulatory protein LysR  34.08 
 
 		 270 aa  134  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1877  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.018924  normal  0.0294674 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4264  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.46776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  33.56 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.76 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1072  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.304438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.54 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6475  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.94 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.94 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  33.76 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3044  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.727695 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  29.78 
 
 		 330 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 298 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  33.03 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5022  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.851594  normal  0.174295 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  30.43 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1442  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.200576 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0263  putative transcriptional regulator  22.81 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1086  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.869199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4959  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2790  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.298567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.64 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2173  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 308 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>