More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3738 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3738  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 519 aa  1087    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2748  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 600 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 561 aa  256  7e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 962 aa  211  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0194  acyl-CoA synthetase  32.78 
 
 		 936 aa  209  1e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2129  acyltransferase family protein  32.57 
 
 		 852 aa  207  5e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 947 aa  203  5e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0626569  normal  0.797277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3393  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 942 aa  202  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0997952  normal  0.240157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2145  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 		 958 aa  190  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 949 aa  189  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00339839  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0417  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 586 aa  183  7e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.393755  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0418  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 586 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2875  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 958 aa  182  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0255103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2829  peptide synthase  33.33 
 
 		 4342 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0943  AMP-binding domain-containing protein  30.59 
 
 		 1035 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0389  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 		 586 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4183  AMP-dependent synthetase and ligase  32.02 
 
 		 586 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3746  amino acid adenylation domain protein  33.92 
 
 		 1776 aa  177  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33280  peptide synthase  32.6 
 
 		 4342 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.46218 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4756  amino acid adenylation domain-containing protein  31.2 
 
 		 1789 aa  175  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0821  acyl-CoA synthetase  30.51 
 
 		 585 aa  174  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10034  fatty-acid-CoA ligase fadD34  26.87 
 
 		 562 aa  172  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.284875  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6306  AMP-dependent synthetase and ligase  28.75 
 
 		 595 aa  171  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.580679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3562  peptide synthase  32.08 
 
 		 4317 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2331  amino acid adenylation domain protein  32.65 
 
 		 3235 aa  168  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4552  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.04 
 
 		 563 aa  168  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2559  acyl-CoA synthetase  31.41 
 
 		 574 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0309025 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2295  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 839 aa  167  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.698983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1832  amino acid adenylation  31.14 
 
 		 1801 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6561  AMP-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 609 aa  166  9e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0102107 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02851  putative saframycin Mx1 synthetase B  30.61 
 
 		 576 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000692091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02801  hypothetical protein  30.61 
 
 		 573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000478815  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3733  amino acid adenylation domain-containing protein  30.88 
 
 		 1779 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279948 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2770  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 584 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3155  acyl-CoA synthetase  30.36 
 
 		 576 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1945  peptide synthase  33.33 
 
 		 4336 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3404  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 551 aa  164  3e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.469336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3442  acyl-CoA synthetase  30.36 
 
 		 576 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7308  polyketide synthetase  28.12 
 
 		 755 aa  163  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39684  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2135  pyoverdine chromophore precursor synthetase  34.01 
 
 		 4336 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0718  acyl-CoA synthetase  30.1 
 
 		 573 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3260  acyl-CoA synthetase  30.1 
 
 		 563 aa  163  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25650  peptide synthase  30.94 
 
 		 4318 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01920  putative transmembrane protein  29.96 
 
 		 559 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.467911  normal  0.0185745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1688  acyl-CoA synthetase  32.27 
 
 		 568 aa  160  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.176255 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 534 aa  159  8e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.586249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4243  peptide synthase  33.01 
 
 		 4317 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3458  amino acid adenylation domain protein  32.03 
 
 		 2250 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0652  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.78 
 
 		 546 aa  158  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2108  amino acid adenylation domain-containing protein  31.15 
 
 		 2820 aa  157  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3809  peptide synthase  31.82 
 
 		 4317 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5637  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 600 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6002  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 600 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2181  hypothetical protein  28.54 
 
 		 581 aa  156  7e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 579 aa  156  7e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1624  peptide synthase  32.65 
 
 		 4317 aa  156  7e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6170  thioester reductase domain protein  29.68 
 
 		 1067 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701835  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2786  amino acid adenylation domain-containing protein  28.6 
 
 		 3208 aa  156  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0705629 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2154  hypothetical protein  28.54 
 
 		 581 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4108  Beta-ketoacyl synthase  30.47 
 
 		 1656 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.307999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1874  Beta-ketoacyl synthase  28.49 
 
 		 2762 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.441588 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6493  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 600 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.679743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7411  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 		 587 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.542589 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2049  AMP-dependent synthetase and ligase  29.62 
 
 		 547 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.998714  normal  0.345074 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3193  Beta-ketoacyl synthase  29.95 
 
 		 3099 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32420  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.47 
 
 		 560 aa  153  7e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.300153  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1702  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.69 
 
 		 521 aa  153  7e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.11665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1723  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.69 
 
 		 521 aa  153  7e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1770  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.69 
 
 		 524 aa  153  7e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0440023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3423  acyl-CoA synthetase  28.66 
 
 		 601 aa  153  8.999999999999999e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.157463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0231  acyl-CoA synthetase  31.17 
 
 		 608 aa  152  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.229667  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1929  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 648 aa  151  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.362101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3940  peptide synthase  30.87 
 
 		 4332 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862701 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2453  putative acyl-CoA synthase  30.22 
 
 		 588 aa  150  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0769746  normal  0.973713 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6478  beta-ketoacyl synthase  30.23 
 
 		 1474 aa  151  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651287  normal  0.801281 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0009  amino acid adenylation  28.72 
 
 		 2791 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0712365 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2951  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 		 577 aa  149  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.982174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0433  AMP-binding enzyme family protein  28.24 
 
 		 559 aa  149  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4912  amino acid adenylation domain protein  29.71 
 
 		 1715 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.650159  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6150  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 594 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102681  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2989  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 		 593 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.204097  normal  0.579724 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2161  hypothetical protein  28.23 
 
 		 6274 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2025  putative syringomycin synthetase  28.23 
 
 		 6272 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3181  AMP-dependent synthetase and ligase  26.08 
 
 		 596 aa  149  2.0000000000000003e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.111663 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1754  acyl-CoA synthetase  28.24 
 
 		 564 aa  149  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18360  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.51 
 
 		 577 aa  148  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2383  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.17 
 
 		 535 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.962951  normal  0.349087 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.36 
 
 		 562 aa  147  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2342  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.17 
 
 		 535 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2389  long-chain-fatty-acid--[acyl-carrier-protein] ligase  28.17 
 
 		 535 aa  147  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.265242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1800  AMP-binding domain-containing protein  26.9 
 
 		 610 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5330  AMP-dependent synthetase and ligase  31.02 
 
 		 608 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.611061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3109  aspartate racemase  28.04 
 
 		 1981 aa  147  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2005  putative syringomycin synthetase  28.08 
 
 		 6271 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3363  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 		 701 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.826515 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3073  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 653 aa  146  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0168838  normal  0.191593 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3072  AMP-dependent synthetase and ligase  27.63 
 
 		 684 aa  146  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.839841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0277  AMP-binding domain-containing protein  26.71 
 
 		 599 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.48343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1087  putative non-ribosomal peptide synthase  31.52 
 
 		 3235 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.12 
 
 		 544 aa  145  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>