More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2615 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2615  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 471 aa  959    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1807  radical SAM family protein  77.14 
 
 		 465 aa  733    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0681457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1614  Radical SAM domain protein  91.95 
 
 		 471 aa  886    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1003  radical SAM domain-containing protein  52.28 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3141  Radical SAM domain protein  50.85 
 
 		 441 aa  473  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0225  Fe-S oxidoreductase  50.76 
 
 		 459 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3435  Radical SAM domain protein  47.94 
 
 		 492 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1938  radical SAM domain-containing protein  50.11 
 
 		 727 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1813  Radical SAM domain protein  52.07 
 
 		 442 aa  449  1e-125  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1557  Radical SAM domain protein  49.89 
 
 		 467 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.344613  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3544  Elongator protein 3/MiaB/NifB  47.67 
 
 		 464 aa  431  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1314  radical SAM domain-containing protein  46.84 
 
 		 470 aa  423  1e-117  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.147685  hitchhiker  0.000205505 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1470  Radical SAM domain protein  44.54 
 
 		 445 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3275  Radical SAM domain protein  40.65 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1579  radical SAM domain-containing protein  43.56 
 
 		 543 aa  370  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.803741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1818  Radical SAM domain protein  41.31 
 
 		 519 aa  352  8.999999999999999e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.630442  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0637  Radical SAM domain protein  42.7 
 
 		 588 aa  342  7e-93  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.179441 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0931  Radical SAM domain protein  38.66 
 
 		 436 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.996122  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0843  radical SAM domain-containing protein  34.69 
 
 		 487 aa  263  4e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.996552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1684  radical SAM domain-containing protein  36.62 
 
 		 472 aa  263  4e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.622804  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1003  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 489 aa  258  2e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00934778  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0574  radical SAM domain-containing protein  32.32 
 
 		 496 aa  256  6e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.983421  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1106  radical SAM family protein  34.37 
 
 		 495 aa  252  9.000000000000001e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.289399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3420  MoaA/NifB/PqqE family protein  33.2 
 
 		 506 aa  251  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.53604  normal  0.549751 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2362  Radical SAM domain protein  31.4 
 
 		 512 aa  242  1e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.199489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2775  MoaA/NifB/PqqE family protein  31.63 
 
 		 495 aa  240  5e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0603856  normal  0.0689174 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1009  radical SAM domain-containing protein  33.4 
 
 		 573 aa  237  3e-61  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.209169  hitchhiker  0.0000165729 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1446  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 		 573 aa  237  4e-61  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0319  hypothetical protein  32.14 
 
 		 491 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0703  radical SAM domain-containing protein  32.78 
 
 		 609 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0802  radical SAM family Fe-S protein  31.24 
 
 		 561 aa  231  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2391  MoaA/NifB/PqqE family protein  35.56 
 
 		 455 aa  230  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.426665  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1986  radical SAM domain-containing protein  36.09 
 
 		 453 aa  230  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1809  radical SAM domain-containing protein  31.66 
 
 		 578 aa  230  5e-59  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.335774  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1889  Radical SAM domain protein  33.26 
 
 		 441 aa  226  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1639  radical SAM domain-containing protein  30.56 
 
 		 579 aa  220  6e-56  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2795  radical SAM domain-containing protein  32.54 
 
 		 530 aa  219  7.999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.420815  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13761  transferase  32.76 
 
 		 776 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.881516  normal  0.437263 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2597  radical SAM domain-containing protein  31.75 
 
 		 523 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.054698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0409  radical SAM family protein  33.76 
 
 		 474 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.343517 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0580  Radical SAM domain protein  30.47 
 
 		 513 aa  213  4.9999999999999996e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.720942  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0089  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 		 569 aa  211  2e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.63352  normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2134  radical SAM family Fe-S protein  31.28 
 
 		 479 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.426592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0183  radical SAM domain-containing protein  30.57 
 
 		 608 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.531791 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1215  Radical SAM domain protein  28.54 
 
 		 582 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0970517  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4048  radical SAM family Fe-S protein  31.09 
 
 		 486 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0823  Radical SAM domain protein  29.96 
 
 		 463 aa  195  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0301  radical SAM domain-containing protein  30.97 
 
 		 481 aa  190  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0020  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 		 581 aa  189  1e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00170872 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0254  hypothetical protein  37.25 
 
 		 471 aa  179  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0356803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0115  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 		 559 aa  161  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000926294 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0793  radical SAM family Fe-S protein  30.1 
 
 		 706 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.768021  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3844  radical SAM domain-containing protein  26.95 
 
 		 533 aa  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4236  radical SAM family protein  27.14 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.767249  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4615  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4322  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1762  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  37.77 
 
 		 333 aa  87.8  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.114768 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1759  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.92 
 
 		 356 aa  86.7  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.103881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0260  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.96 
 
 		 331 aa  85.9  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.678678  normal  0.916365 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2110  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.46 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.163596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2491  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.87 
 
 		 353 aa  84.7  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.989174  normal  0.187655 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0829  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.47 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2030  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.99 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2100  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.64 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1590  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.56 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.370128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1734  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.06 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1830  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  34.64 
 
 		 334 aa  83.2  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0560  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  30.89 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.763521 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  34.43 
 
 		 428 aa  81.6  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0373  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.57 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0672  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.71 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2958  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.87 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0925  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  36.31 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2177  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.26 
 
 		 339 aa  80.9  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.697668  normal  0.807394 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1604  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  27.78 
 
 		 328 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0327  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  34.25 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  32.5 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1476  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.22 
 
 		 299 aa  79.3  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01630  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  28.26 
 
 		 333 aa  79  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5688  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.16 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.512935  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.08 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1976  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.57 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1036  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  26.38 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.643895  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1392  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.21 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4316  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  30 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0726  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.99 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00130382 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1990  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  33.88 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  31.89 
 
 		 384 aa  77.8  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5046  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.31 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.41268  normal  0.0131922 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.86 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6965  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  32.81 
 
 		 374 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1265  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.96 
 
 		 336 aa  77.4  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.522887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1023  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  30.83 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00165145 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2768  molybdopterin biosynthesis, protein A  29.95 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149516  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6446  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  32.63 
 
 		 371 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.928018 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4556  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.63 
 
 		 337 aa  77  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4536  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.7 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.792195 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1985  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.57 
 
 		 337 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1937  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.57 
 
 		 337 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  34.3 
 
 		 370 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>