More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0174 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0174  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  100 
 
 		 330 aa  647    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.76533  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0156  NADH dehydrogenase (quinone)  98.48 
 
 		 330 aa  640    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.615758 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3436  NADH dehydrogenase I, H subunit  77.81 
 
 		 329 aa  499  1e-140  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0161  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  79.38 
 
 		 329 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0325  NADH dehydrogenase (quinone)  77.68 
 
 		 329 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0210  NADH dehydrogenase I chain H  62.96 
 
 		 330 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1941  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  64.29 
 
 		 331 aa  395  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.552333 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  51.94 
 
 		 341 aa  341  8e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3919  respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1  51.37 
 
 		 349 aa  333  2e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4003  NADH dehydrogenase (quinone)  51.06 
 
 		 349 aa  333  3e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.90654e-20 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3131  NADH dehydrogenase (quinone)  50 
 
 		 364 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1019  NADH dehydrogenase subunit H  53.23 
 
 		 317 aa  325  5e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6675  NADH dehydrogenase subunit H  50.63 
 
 		 447 aa  324  1e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0274  NADH dehydrogenase subunit H  49.85 
 
 		 451 aa  322  4e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4411  NADH dehydrogenase (quinone)  51.54 
 
 		 438 aa  322  5e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6087  NADH dehydrogenase subunit H  49.38 
 
 		 462 aa  315  8e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0085721  normal  0.0109132 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0981  NADH dehydrogenase (quinone)  53.64 
 
 		 466 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0345  NADH dehydrogenase I, H subunit  49.69 
 
 		 348 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1121  NADH dehydrogenase subunit H  56.32 
 
 		 319 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.308781  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2561  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2550  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2461  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3348  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.65 
 
 		 337 aa  312  3.9999999999999997e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22967  normal  0.216817 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2668  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1375  NADH dehydrogenase I chain H  49.68 
 
 		 342 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00938294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2506  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  312  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2826  NADH dehydrogenase subunit H  49.53 
 
 		 325 aa  312  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.391719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0811  NADH dehydrogenase (quinone)  50.32 
 
 		 353 aa  311  6.999999999999999e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4237  NADH dehydrogenase (quinone)  48.17 
 
 		 349 aa  311  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000514552  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02207  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1375  NADH dehydrogenase (quinone)  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0103181  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2658  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2575  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1370  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.638509  normal  0.284732 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2436  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2431  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3421  NADH dehydrogenase subunit H  48.9 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.950674  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0927  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  49.04 
 
 		 353 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_798  NADH:quinone oxidoreductase subunit 1 (chain H)  49.04 
 
 		 353 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0981  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50 
 
 		 348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.48 
 
 		 343 aa  310  2.9999999999999997e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7012  NADH dehydrogenase (quinone)  49.55 
 
 		 345 aa  309  5e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4551  NADH dehydrogenase (quinone)  49.38 
 
 		 486 aa  309  5e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1498  NADH dehydrogenase subunit H  47.98 
 
 		 324 aa  308  6.999999999999999e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2766  NADH dehydrogenase subunit H  47.78 
 
 		 324 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3614  NADH dehydrogenase (quinone)  54.95 
 
 		 328 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0712  NADH dehydrogenase (quinone)  53.02 
 
 		 318 aa  306  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.272404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0370  NADH dehydrogenase (quinone)  50.32 
 
 		 420 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.455618  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1281  NADH dehydrogenase (quinone)  47.48 
 
 		 447 aa  306  2.0000000000000002e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.522555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3819  NADH dehydrogenase (quinone)  52.38 
 
 		 318 aa  306  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0395  NADH dehydrogenase (quinone)  48.59 
 
 		 433 aa  306  4.0000000000000004e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3388  NADH dehydrogenase (quinone)  47.11 
 
 		 390 aa  303  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4488  NADH dehydrogenase subunit H  49.54 
 
 		 410 aa  303  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0439887 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0422  NADH dehydrogenase subunit H  48.45 
 
 		 369 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00267889  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13173  NADH dehydrogenase subunit H  47.75 
 
 		 413 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4081  NADH dehydrogenase (quinone)  46.99 
 
 		 359 aa  302  5.000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal  0.0673289 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7684  NADH dehydrogenase (quinone)  49.51 
 
 		 472 aa  301  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1114  NADH dehydrogenase subunit H  54.51 
 
 		 323 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.787039  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2236  NADH dehydrogenase (quinone)  46.67 
 
 		 391 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.249199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1878  NADH dehydrogenase subunit H  47.96 
 
 		 411 aa  301  1e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.349775  normal  0.979867 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2866  NADH dehydrogenase (quinone)  53.79 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.473976  normal  0.0334094 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02167  hypothetical protein  49.03 
 
 		 327 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1597  NADH dehydrogenase subunit H  47.37 
 
 		 416 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.824688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0916  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.85 
 
 		 389 aa  300  2e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0945521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1573  NADH dehydrogenase subunit H  47.37 
 
 		 416 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1543  NADH dehydrogenase subunit H  47.37 
 
 		 416 aa  300  2e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.671965  normal  0.0902483 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1661  NADH dehydrogenase (quinone)  50.97 
 
 		 322 aa  299  5e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1308  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  48.15 
 
 		 354 aa  298  7e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3222  NADH dehydrogenase subunit H  50.63 
 
 		 441 aa  298  9e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0931446 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0527  NADH dehydrogenase subunit H  50.83 
 
 		 449 aa  297  1e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0617  NADH dehydrogenase subunit H  48.45 
 
 		 367 aa  296  3e-79  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00942155  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2709  NADH dehydrogenase (quinone)  47.95 
 
 		 458 aa  296  3e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  51.15 
 
 		 337 aa  296  4e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03230  NADH dehydrogenase subunit H  48.18 
 
 		 441 aa  296  4e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.332103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3088  NADH dehydrogenase (quinone)  47.8 
 
 		 357 aa  295  5e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93742  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1276  NADH dehydrogenase (quinone)  51.8 
 
 		 415 aa  295  6e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.815883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1460  NADH dehydrogenase subunit H  48.05 
 
 		 325 aa  295  9e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1810  NADH dehydrogenase subunit H  48.05 
 
 		 325 aa  295  9e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.639781 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3175  NADH dehydrogenase (quinone)  47.55 
 
 		 430 aa  294  1e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.616165  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1870  NADH dehydrogenase (quinone)  53.57 
 
 		 417 aa  294  1e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3302  NADH dehydrogenase subunit H  48.04 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1566  NADH dehydrogenase subunit H  47.73 
 
 		 325 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0375  NADH-quinone oxidoreductase, chain H  48.71 
 
 		 321 aa  293  3e-78  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0590  NADH dehydrogenase subunit H  47.58 
 
 		 347 aa  293  4e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.148656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  47.72 
 
 		 355 aa  293  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0579  NADH dehydrogenase subunit H  47.27 
 
 		 347 aa  292  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.302811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1332  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.32 
 
 		 319 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3126  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  49.68 
 
 		 328 aa  291  8e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1015  NADH dehydrogenase subunit H  49.37 
 
 		 322 aa  290  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1822  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1442  NADH dehydrogenase subunit H  46.83 
 
 		 333 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.583863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1068  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393482  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0545  NADH dehydrogenase subunit H  49.07 
 
 		 449 aa  290  2e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.629045  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1297  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1306  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 354 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310295  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0881  NADH dehydrogenase (quinone)  49.33 
 
 		 336 aa  290  3e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000223152  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2159  NADH dehydrogenase subunit H  47.42 
 
 		 355 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367995  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2280  NADH dehydrogenase subunit H  47.42 
 
 		 355 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421689  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0420  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 352 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0730  NADH dehydrogenase subunit H  46.81 
 
 		 352 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>