236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3307 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3307  zinc finger, CHC2-type  100 
 
 		 389 aa  772    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.112325  normal  0.286809 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0446  zinc finger, CHC2-family protein  26.07 
 
 		 345 aa  73.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.417921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  28.03 
 
 		 614 aa  70.9  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  22.7 
 
 		 598 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  22.7 
 
 		 598 aa  69.7  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1449  DNA primase  23.87 
 
 		 603 aa  68.9  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  22.64 
 
 		 600 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0213  DNA primase  25.71 
 
 		 677 aa  68.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.387013  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1625  DNA primase  26.2 
 
 		 599 aa  68.6  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.947875 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  27.92 
 
 		 588 aa  68.2  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  22.99 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  22.41 
 
 		 598 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  22.28 
 
 		 595 aa  67.8  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  22.41 
 
 		 571 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  22.16 
 
 		 544 aa  66.2  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0825  DNA primase  24.64 
 
 		 655 aa  65.1  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.263135  hitchhiker  0.0000451849 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  25.59 
 
 		 583 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1610  DNA primase  23.22 
 
 		 548 aa  64.3  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  20.15 
 
 		 591 aa  64.7  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  25.91 
 
 		 611 aa  64.3  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  25.55 
 
 		 623 aa  64.3  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  26.58 
 
 		 671 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0806  DNA primase  25.57 
 
 		 639 aa  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5107  DNA primase  25.94 
 
 		 634 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0795  DNA primase  21.73 
 
 		 572 aa  63.2  0.000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  27.57 
 
 		 587 aa  63.2  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  28.7 
 
 		 571 aa  62.8  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  24.24 
 
 		 581 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0552  DNA primase  24.36 
 
 		 590 aa  61.6  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0271  DNA primase  24.44 
 
 		 675 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.59752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  23.87 
 
 		 581 aa  62  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1497  DNA primase  23.08 
 
 		 595 aa  62  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1998  DNA primase  21.56 
 
 		 605 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2069  DNA primase  22.98 
 
 		 554 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  25.85 
 
 		 655 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1810  DNA primase  21.56 
 
 		 605 aa  60.1  0.00000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1629  DNA primase  21.43 
 
 		 614 aa  60.5  0.00000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.332155  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  23.48 
 
 		 578 aa  60.1  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  23.4 
 
 		 588 aa  60.1  0.00000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  23.48 
 
 		 577 aa  59.7  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2205  DNA primase  28.48 
 
 		 638 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  25.14 
 
 		 592 aa  58.9  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1342  DNA primase  22.05 
 
 		 565 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000143  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_492  DNA primase  24.04 
 
 		 590 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0123236  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  23.83 
 
 		 596 aa  59.3  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1345  DNA primase  23.08 
 
 		 595 aa  58.9  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  25.84 
 
 		 685 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  27.5 
 
 		 665 aa  58.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1344  DNA primase  22.05 
 
 		 565 aa  58.2  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0114942  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  24.77 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09211  DNA primase  21.79 
 
 		 677 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15911  DNA primase  25.63 
 
 		 684 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  26.22 
 
 		 651 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4874  zinc finger CHC2-family protein  27.01 
 
 		 931 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0337789 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09191  DNA primase  21.49 
 
 		 677 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 604 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  27.48 
 
 		 622 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  27.48 
 
 		 622 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  23.2 
 
 		 609 aa  56.6  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf347  DNA primase  25.15 
 
 		 612 aa  56.6  0.0000008  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.603388  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  24.69 
 
 		 678 aa  56.6  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0860  DNA primase  21.49 
 
 		 677 aa  56.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.262059  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  24.54 
 
 		 623 aa  56.2  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  26.05 
 
 		 625 aa  56.2  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3785  DNA primase  25.14 
 
 		 646 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  23.72 
 
 		 593 aa  55.5  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3836  DNA primase  25.14 
 
 		 646 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0564656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  27.81 
 
 		 636 aa  55.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  26.16 
 
 		 652 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  27.47 
 
 		 621 aa  55.1  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0617  DNA primase  24.55 
 
 		 595 aa  55.5  0.000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.912448  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3642  DNA primase  27.87 
 
 		 625 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1236  DNA primase  22.66 
 
 		 584 aa  55.1  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00798045  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  24.48 
 
 		 664 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3885  DNA primase  27.87 
 
 		 625 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.987209  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  24.04 
 
 		 663 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3198  DNA primase  28.09 
 
 		 629 aa  54.3  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0946512  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  25.28 
 
 		 683 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4481  DNA primase  27.87 
 
 		 800 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  25.64 
 
 		 601 aa  54.7  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09401  DNA primase  24.37 
 
 		 625 aa  54.7  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.029627  normal  0.0569121 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  25.57 
 
 		 663 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  22.36 
 
 		 582 aa  54.3  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  22.89 
 
 		 582 aa  53.9  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  22.89 
 
 		 582 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  22.89 
 
 		 582 aa  53.9  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  25.91 
 
 		 579 aa  54.3  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  21.45 
 
 		 584 aa  53.5  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>