More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1970 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  587  1e-166  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  37.81 
 
 		 284 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  37.81 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 284 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 284 aa  185  8e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 284 aa  185  9e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 281 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 296 aa  178  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  35 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4646  transcriptional regulator, RpiR family  49 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.308947  normal  0.465051 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  30.16 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  32.19 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 281 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  36.78 
 
 		 281 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2832  RpiR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.233384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29100  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2753  transcriptional regulator, RpiR family  35.64 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.21 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 282 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  31.25 
 
 		 293 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  37.68 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  35.31 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2674  transcriptional regulator, RpiR family  39.45 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0539121 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  36.46 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.55 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0941  RpiR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0472093  normal  0.387072 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 282 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.33 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  34.6 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.98 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  34.02 
 
 		 282 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.72 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  35.11 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 273 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  28.67 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  31.19 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  34.15 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 278 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  32.68 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  31.34 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.1 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.13 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  29.3 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  32.13 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 284 aa  129  9.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.29 
 
 		 287 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  31.73 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  33.59 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  35.83 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 339 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  30.89 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 332 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 339 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>