More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0976 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0976  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
347 aa  686    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.66 
 
 
370 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.249574  hitchhiker  0.0026302 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.76 
 
 
373 aa  412  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.192134  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2923  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.32 
 
 
352 aa  394  1e-108  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000654958 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0708  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.15 
 
 
343 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.127899 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10547  UDP-glucose 4-epimerase galE3  57.02 
 
 
346 aa  348  8e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000700436  normal  0.976314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.84 
 
 
352 aa  338  5.9999999999999996e-92  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.227922  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.78 
 
 
343 aa  328  6e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0718  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.78 
 
 
343 aa  328  6e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0935315  normal  0.0287861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0698  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.78 
 
 
343 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534805  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0882  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.62 
 
 
348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.16 
 
 
372 aa  274  1.0000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.2 
 
 
373 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3721  putative epimerase/dehydratase  38.42 
 
 
384 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.9 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
370 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.86 
 
 
368 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00157391  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
376 aa  238  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
370 aa  236  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6728  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.68 
 
 
379 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.23 
 
 
373 aa  230  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.68 
 
 
370 aa  229  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.38 
 
 
372 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.39 
 
 
391 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.48 
 
 
372 aa  225  9e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.09 
 
 
372 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.8 
 
 
372 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.718161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.66 
 
 
370 aa  223  4e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.73 
 
 
388 aa  223  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.791984  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.79 
 
 
373 aa  222  8e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.63 
 
 
369 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.23 
 
 
368 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.118654 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.89 
 
 
382 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.903848  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6265  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.34 
 
 
379 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0520  NAD-dependent dehydratase/epimerase  41.27 
 
 
368 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2172  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.96 
 
 
368 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0235632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3029  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
378 aa  203  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.23 
 
 
377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2684  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.73 
 
 
364 aa  199  5e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
375 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.05 
 
 
354 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.875814  normal  0.757495 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1983  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.064917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3157  GepiA  33.53 
 
 
363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0337067  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3134  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.983056  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4246  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.2 
 
 
373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.466913 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.722542  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0930  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
364 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2760  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.53 
 
 
356 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00545494  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1476  UDP-glucose 4-epimerase, putative  33.53 
 
 
363 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.92 
 
 
298 aa  166  4e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03160  sugar nucleotide epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
358 aa  166  4e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.123256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.55 
 
 
321 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
309 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.22 
 
 
313 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
325 aa  157  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
314 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
296 aa  153  5e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
328 aa  152  8.999999999999999e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
333 aa  151  2e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
310 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
292 aa  150  3e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
306 aa  150  4e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
306 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
312 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.33 
 
 
309 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.03 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
309 aa  146  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.54 
 
 
316 aa  145  1e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.42 
 
 
388 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
310 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.74 
 
 
310 aa  144  3e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 
305 aa  143  4e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.88 
 
 
307 aa  143  4e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
292 aa  142  6e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
310 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.93 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.67 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
328 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
310 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
368 aa  136  7.000000000000001e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.66 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.81 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.59 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
311 aa  133  3e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
343 aa  133  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0337048 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
299 aa  132  6e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.52 
 
 
309 aa  132  6e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
311 aa  132  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.66 
 
 
313 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>