More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3261 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 
304 aa  631  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  96.38 
 
 
304 aa  611  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  95.39 
 
 
304 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  95.39 
 
 
304 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.39 
 
 
304 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  95.72 
 
 
304 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  50.99 
 
 
303 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.49 
 
 
304 aa  273  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.22 
 
 
318 aa  233  3e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
328 aa  160  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
306 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0225  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  29.87 
 
 
330 aa  144  2e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
301 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
327 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131768  normal  0.0846691 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.87 
 
 
322 aa  132  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  33.33 
 
 
306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.608202  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
336 aa  125  7e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2305  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
331 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
336 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  27.33 
 
 
330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
331 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
335 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
331 aa  109  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
333 aa  108  8.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
294 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
316 aa  101  1e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.37 
 
 
411 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.15 
 
 
352 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  30.53 
 
 
319 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
322 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.17 
 
 
301 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
319 aa  89.7  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
319 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3638  UDP-glucose 4-epimerase, putative  30.9 
 
 
326 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.407013 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.5 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.29 
 
 
319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.64 
 
 
320 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.71 
 
 
319 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
324 aa  88.2  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.552356  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.29 
 
 
319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.29 
 
 
319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.29 
 
 
319 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1754  UDP-glucose 4-epimerase, putative  26.46 
 
 
326 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0706021  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
314 aa  87  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
319 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.83 
 
 
330 aa  87  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.29 
 
 
319 aa  85.5  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
320 aa  85.5  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
333 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.58 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
346 aa  84.3  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  31.12 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  25.45 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
358 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  27.96 
 
 
318 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  27.62 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1958  putative NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.36 
 
 
880 aa  82.4  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0262576  hitchhiker  0.00141398 
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  25.91 
 
 
339 aa  81.6  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
361 aa  81.6  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
318 aa  81.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  31.02 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  24.82 
 
 
317 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.37 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.63 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0670  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.125394  normal  0.553916 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3247  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.76 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3388  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3016  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.53 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3248  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.53 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  26.07 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.76 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11357  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  26.15 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000549333 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
381 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.13 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.77 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3001  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.76 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2938  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  24.76 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2216  hopanoid-associated sugar epimerase  26.69 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  30.51 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
319 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  23.83 
 
 
316 aa  77.4  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.77 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
295 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
295 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1940  hopanoid-associated sugar epimerase  26.69 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
296 aa  77  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2291  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal  0.485366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>