More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2909 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2909  sucrose operon repressor  100 
 
 		 335 aa  694    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00007545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2023  LacI family transcription regulator  84.18 
 
 		 338 aa  600  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4207  LacI family transcription regulator  67.66 
 
 		 347 aa  484  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3596  transcriptional regulator, LacI family  68.06 
 
 		 339 aa  475  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3759  transcriptional regulator, LacI family  66.47 
 
 		 339 aa  471  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.899629  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0347  transcriptional regulator, LacI family  64.97 
 
 		 339 aa  467  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.427458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0391  transcriptional regulator, LacI family  65.57 
 
 		 339 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.133972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3916  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1582  DNA-binding transcriptional regulator FruR  33.43 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18230  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.83 
 
 		 329 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0329354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05957  DNA-binding transcriptional regulator FruR  32.9 
 
 		 331 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000221  fructose repressor FruR LacI family  32.46 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0452  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.61 
 
 		 326 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3603  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.79 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.25 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.79 
 
 		 334 aa  159  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02609  hypothetical protein  30.91 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0598  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.63 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0636  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.31 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0089  DNA-binding transcriptional regulator FruR  29.97 
 
 		 325 aa  155  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0953  fructose repressor FruR, putative  30.72 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0820  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.72 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.193508 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3529  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.63 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3399  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.63 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02648  L-fuculose phosphate aldolase  30.99 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0134  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.53 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.118856 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.53 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.53 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000945493 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.53 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.53 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.21 
 
 		 331 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  29.91 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0785  DNA-binding transcriptional regulator FruR  33.23 
 
 		 330 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2929  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.31 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1821  LacI family transcription regulator  29.19 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3520  transcriptional regulator, LacI family  30.22 
 
 		 334 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00081  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0086  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0088  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.936017 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0073  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3577  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000826968 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00080  hypothetical protein  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0085  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0082  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0815  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.23 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  29.9 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0792  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.98 
 
 		 331 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.217297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0826  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.72 
 
 		 331 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.751385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4401  DNA-binding transcriptional regulator FruR  31.29 
 
 		 331 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3550  DNA-binding transcriptional regulator FruR  28.72 
 
 		 327 aa  142  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2649  DNA-binding transcriptional regulator FruR  29.39 
 
 		 337 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.30336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  29.66 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  31.17 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12180  DNA-binding transcriptional regulator FruR  30.77 
 
 		 330 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382176  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.4 
 
 		 337 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.21 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2817  LacI family transcription regulator  26.99 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  30.51 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2503  transcriptional regulator  26.93 
 
 		 339 aa  129  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.117668  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3944  transcriptional regulator, LacI family  29.17 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.813544 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  29.71 
 
 		 343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.72 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1009  transcriptional regulator, LacI family  26.73 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.285853 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6090  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 347 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.55 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 		 337 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  29.22 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2811  regulatory protein LacI  27.19 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  30.42 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.42 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  26.59 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.45 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  32.25 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.3 
 
 		 356 aa  123  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.54 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  28.48 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.22 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3400  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 338 aa  122  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.125574 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 		 344 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  28.17 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  28.66 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  27.08 
 
 		 338 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.8 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  28.66 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  25.98 
 
 		 336 aa  119  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0874  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 339 aa  119  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.415502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  29.23 
 
 		 338 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7379  transcriptional regulator LacI family  25.62 
 
 		 347 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144359  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  25.15 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  31.7 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  29.52 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  28.92 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  31.6 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>