133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_5004 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02063  D-lactate dehydrogenase, FAD-binding, NADH independent  64.01 
 
 		 571 aa  753    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1524  D-lactate dehydrogenase  64.01 
 
 		 571 aa  753    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.599972  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2356  D-lactate dehydrogenase  63.84 
 
 		 576 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2405  D-lactate dehydrogenase  63.67 
 
 		 576 aa  762    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02021  hypothetical protein  64.01 
 
 		 571 aa  753    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2160  D-lactate dehydrogenase  59.71 
 
 		 579 aa  708    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.519946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3071  D-lactate dehydrogenase  59.61 
 
 		 596 aa  698    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00174094  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01443  D-lactate dehydrogenase  58.11 
 
 		 567 aa  666    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2401  D-lactate dehydrogenase  63.84 
 
 		 576 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.75215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0784  D-lactate dehydrogenase  56.23 
 
 		 563 aa  676    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0240259  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2928  D-lactate dehydrogenase  59.28 
 
 		 569 aa  697    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.366803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2312  D-lactate dehydrogenase  63.84 
 
 		 576 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000051  D-Lactate dehydrogenase  57.4 
 
 		 568 aa  673    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1563  D-lactate dehydrogenase  56.94 
 
 		 563 aa  674    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2513  D-lactate dehydrogenase  63.84 
 
 		 576 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.730423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2359  D-lactate dehydrogenase  58.24 
 
 		 568 aa  650    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32775  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2732  D-lactate dehydrogenase  65.83 
 
 		 588 aa  778    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3636  D-lactate dehydrogenase  59.89 
 
 		 590 aa  689    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1315  D-lactate dehydrogenase  63.86 
 
 		 585 aa  762    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32225  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1080  D-lactate dehydrogenase  60.99 
 
 		 590 aa  686    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2752  D-lactate dehydrogenase  56.64 
 
 		 579 aa  673    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.892308 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3259  D-lactate dehydrogenase  63.83 
 
 		 571 aa  750    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839206 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2805  D-lactate dehydrogenase  63.85 
 
 		 570 aa  745    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05675  D-lactate dehydrogenase  57.58 
 
 		 577 aa  671    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2268  D-lactate dehydrogenase  64.01 
 
 		 571 aa  753    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2423  D-lactate dehydrogenase  63.83 
 
 		 571 aa  751    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1364  D-lactate dehydrogenase  67.09 
 
 		 566 aa  788    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5004  D-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 571 aa  1180    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.915993  normal  0.447595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3347  D-lactate dehydrogenase  59.57 
 
 		 584 aa  682    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603503 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1351  D-lactate dehydrogenase  63.85 
 
 		 570 aa  746    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01510  D-lactate dehydrogenase  56.12 
 
 		 577 aa  656    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2884  D-lactate dehydrogenase  64.03 
 
 		 570 aa  748    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1514  D-lactate dehydrogenase  63.83 
 
 		 571 aa  752    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0911  D-lactate dehydrogenase  63.65 
 
 		 571 aa  749    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.42749  normal  0.35472 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3451  D-lactate dehydrogenase  61.58 
 
 		 579 aa  716    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.770916  normal  0.693661 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0839  D-lactate dehydrogenase  63.83 
 
 		 571 aa  751    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2057  D-lactate dehydrogenase  61.58 
 
 		 579 aa  729    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328651 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C33  D-lactate dehydrogenase  50.63 
 
 		 559 aa  592  1e-168  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13031  D-lactate dehydrogenase  46.69 
 
 		 566 aa  542  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.122065 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05140  D-lactate dehydrogenase  46.25 
 
 		 569 aa  509  1e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46664  predicted protein  27.85 
 
 		 691 aa  186  1.0000000000000001e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1198  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.33 
 
 		 474 aa  73.9  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1117  FAD linked oxidase domain protein  32.78 
 
 		 489 aa  71.6  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3209  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.74 
 
 		 489 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.350249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1668  FAD linked oxidase domain protein  28.11 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1128  FAD linked oxidase-like protein  28.89 
 
 		 474 aa  63.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0322284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2750  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  30.86 
 
 		 468 aa  62.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.603945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2016  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.1 
 
 		 474 aa  60.1  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.45278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3053  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.22 
 
 		 481 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4598  FAD linked oxidase-like  24.44 
 
 		 473 aa  57  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4968  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.07 
 
 		 476 aa  57  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0971  FAD linked oxidase-like  24.44 
 
 		 473 aa  57  0.0000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1453  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.44 
 
 		 473 aa  57  0.0000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1431  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.44 
 
 		 473 aa  56.6  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.488984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0982  FAD linked oxidase domain-containing protein  25 
 
 		 472 aa  55.8  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1266  FAD linked oxidase domain protein  29.3 
 
 		 475 aa  55.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8493  FAD linked oxidase domain protein  28.03 
 
 		 480 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0941328  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1351  putative FAD-binding oxidoreductase  28.26 
 
 		 472 aa  54.7  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.652696  normal  0.185636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1452  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.07 
 
 		 480 aa  54.3  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.332175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3158  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.33 
 
 		 473 aa  54.3  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1862  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.44 
 
 		 472 aa  54.3  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.258357  hitchhiker  0.0000244132 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2776  FAD linked oxidase domain protein  28.26 
 
 		 472 aa  54.3  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1859  oxidoreductase, FAD-binding  23.46 
 
 		 524 aa  53.9  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1667  FAD linked oxidase domain protein  27.75 
 
 		 470 aa  53.9  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39014  hitchhiker  0.00657046 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1682  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  53.5  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2401  FAD linked oxidase domain protein  31.03 
 
 		 468 aa  53.1  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2989  FAD linked oxidase-like  30.85 
 
 		 477 aa  53.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0939  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2621  oxidoreductase, FAD-binding  22.91 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.6474  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1472  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0409  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1704  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0753  oxidoreductase, FAD-binding  24 
 
 		 473 aa  52.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.78628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1997  FAD linked oxidase domain protein  28.75 
 
 		 470 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.810162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1828  FAD linked oxidase-like  31.32 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2771  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.18 
 
 		 502 aa  51.2  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.360334  hitchhiker  0.00649416 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4010  FAD linked oxidase-like  23.82 
 
 		 478 aa  50.8  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3006  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.97 
 
 		 474 aa  50.8  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1131  FAD linked oxidase-like  28.66 
 
 		 475 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5768  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.26 
 
 		 519 aa  50.4  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000146107 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1650  glycolate oxidase subunit D  26.18 
 
 		 492 aa  50.4  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.054636 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2518  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.97 
 
 		 483 aa  49.7  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0184  FAD linked oxidase domain protein  32.72 
 
 		 967 aa  49.3  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1334  FAD linked oxidase domain-containing protein  24 
 
 		 473 aa  49.7  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1614  FAD linked oxidase domain-containing protein  28.12 
 
 		 462 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.546012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1374  FAD linked oxidase domain-containing protein  24 
 
 		 473 aa  49.3  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2684  FAD linked oxidase domain protein  29.51 
 
 		 480 aa  48.9  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.907385  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4146  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.82 
 
 		 493 aa  48.5  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0502455 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4328  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.17 
 
 		 475 aa  48.5  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1049  FAD linked oxidase-like protein  26.42 
 
 		 474 aa  47.8  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.538289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5003  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.52 
 
 		 483 aa  47.4  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62909  normal  0.277705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3672  FAD linked oxidase domain protein  29.23 
 
 		 484 aa  47.4  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.357048  normal  0.686407 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2697  FAD linked oxidase  27.92 
 
 		 480 aa  46.6  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.706737 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3047  FAD linked oxidase domain protein  28.66 
 
 		 489 aa  47  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.517001 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10162  oxidoreductase  28.4 
 
 		 449 aa  46.6  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2895  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.67 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0604717  normal  0.268779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5156  FAD linked oxidase domain protein  31.86 
 
 		 479 aa  46.6  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3978  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.43 
 
 		 497 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0945147 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2532  FAD linked oxidase domain protein  27.23 
 
 		 509 aa  45.8  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0865  FAD linked oxidase domain protein  25.49 
 
 		 176 aa  46.2  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0822116  normal  0.468719 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>