100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3636 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_5004  D-lactate dehydrogenase  59.89 
 
 
571 aa  689    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.915993  normal  0.447595 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3451  D-lactate dehydrogenase  65.12 
 
 
579 aa  762    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.770916  normal  0.693661 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0784  D-lactate dehydrogenase  58.24 
 
 
563 aa  702    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0240259  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0911  D-lactate dehydrogenase  58.57 
 
 
571 aa  682    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.42749  normal  0.35472 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1514  D-lactate dehydrogenase  58.75 
 
 
571 aa  685    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2884  D-lactate dehydrogenase  58.77 
 
 
570 aa  672    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1351  D-lactate dehydrogenase  58.77 
 
 
570 aa  673    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00215477 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2928  D-lactate dehydrogenase  64.58 
 
 
569 aa  740    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.366803  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3347  D-lactate dehydrogenase  83.22 
 
 
584 aa  976    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.603503 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0839  D-lactate dehydrogenase  58.75 
 
 
571 aa  684    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1364  D-lactate dehydrogenase  61.72 
 
 
566 aa  728    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2423  D-lactate dehydrogenase  58.75 
 
 
571 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2268  D-lactate dehydrogenase  58.57 
 
 
571 aa  681    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02063  D-lactate dehydrogenase, FAD-binding, NADH independent  58.57 
 
 
571 aa  684    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2805  D-lactate dehydrogenase  58.77 
 
 
570 aa  672    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3636  D-lactate dehydrogenase  100 
 
 
590 aa  1213    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2732  D-lactate dehydrogenase  57.96 
 
 
588 aa  676    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2513  D-lactate dehydrogenase  59.11 
 
 
576 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.730423  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1524  D-lactate dehydrogenase  58.57 
 
 
571 aa  684    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.599972  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000051  D-Lactate dehydrogenase  53.78 
 
 
568 aa  637    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1315  D-lactate dehydrogenase  60.64 
 
 
585 aa  698    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.32225  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1563  D-lactate dehydrogenase  56.63 
 
 
563 aa  665    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02021  hypothetical protein  58.57 
 
 
571 aa  684    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3071  D-lactate dehydrogenase  63.54 
 
 
596 aa  736    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00174094  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3259  D-lactate dehydrogenase  58.75 
 
 
571 aa  683    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839206 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2312  D-lactate dehydrogenase  59.11 
 
 
576 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01510  D-lactate dehydrogenase  55.52 
 
 
577 aa  651    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2405  D-lactate dehydrogenase  59.11 
 
 
576 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2401  D-lactate dehydrogenase  59.29 
 
 
576 aa  687    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.75215  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2356  D-lactate dehydrogenase  59.11 
 
 
576 aa  686    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2359  D-lactate dehydrogenase  71.74 
 
 
568 aa  802    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32775  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2160  D-lactate dehydrogenase  65.28 
 
 
579 aa  754    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.519946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2057  D-lactate dehydrogenase  66.06 
 
 
579 aa  767    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328651 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2752  D-lactate dehydrogenase  54.25 
 
 
579 aa  633  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.892308 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05675  D-lactate dehydrogenase  52.6 
 
 
577 aa  612  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1080  D-lactate dehydrogenase  51.52 
 
 
590 aa  602  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01443  D-lactate dehydrogenase  53.08 
 
 
567 aa  604  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C33  D-lactate dehydrogenase  49.09 
 
 
559 aa  562  1.0000000000000001e-159  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05140  D-lactate dehydrogenase  50 
 
 
569 aa  541  9.999999999999999e-153  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13031  D-lactate dehydrogenase  44.46 
 
 
566 aa  518  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.122065 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46664  predicted protein  28.38 
 
 
691 aa  185  3e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1668  FAD linked oxidase domain protein  32.42 
 
 
477 aa  67  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1117  FAD linked oxidase domain protein  33.15 
 
 
489 aa  67  0.0000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4968  FAD linked oxidase domain-containing protein  35.43 
 
 
476 aa  66.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1165  hypothetical protein  85.29 
 
 
115 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.183778  normal  0.18975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1198  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.14 
 
 
474 aa  65.5  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.543667 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5768  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.18 
 
 
519 aa  63.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146107 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1128  FAD linked oxidase-like protein  32.4 
 
 
474 aa  62  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0322284  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1550  hypothetical protein  100 
 
 
88 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.358293  normal  0.656053 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3209  FAD linked oxidase domain-containing protein  34.67 
 
 
489 aa  56.2  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.350249  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2771  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.77 
 
 
502 aa  56.2  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.360334  hitchhiker  0.00649416 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2989  FAD linked oxidase-like  30.77 
 
 
477 aa  55.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1452  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.39 
 
 
480 aa  54.3  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.332175  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1862  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.38 
 
 
472 aa  54.3  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.258357  hitchhiker  0.0000244132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1828  FAD linked oxidase-like  33.14 
 
 
473 aa  53.9  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3053  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.54 
 
 
481 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1266  FAD linked oxidase domain protein  31.61 
 
 
475 aa  52.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2016  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.43 
 
 
474 aa  51.6  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.45278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2117  putative D-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 
471 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0971  FAD linked oxidase-like  27.68 
 
 
473 aa  50.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.18122  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1453  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.68 
 
 
473 aa  50.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473918  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1517  FAD linked oxidase domain-containing protein  30 
 
 
472 aa  50.4  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105357 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1431  FAD linked oxidase domain-containing protein  27.68 
 
 
473 aa  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.488984  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1614  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.17 
 
 
462 aa  50.4  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.546012  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2485  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.32 
 
 
479 aa  49.3  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0928797  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0830  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.19 
 
 
481 aa  48.9  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.889328  hitchhiker  0.000412529 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4598  FAD linked oxidase-like  27.12 
 
 
473 aa  49.3  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.347374  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0184  FAD linked oxidase domain protein  32.08 
 
 
967 aa  48.9  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2621  oxidoreductase, FAD-binding  27.53 
 
 
473 aa  48.5  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.6474  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1667  FAD linked oxidase domain protein  30.06 
 
 
470 aa  48.9  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39014  hitchhiker  0.00657046 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2401  FAD linked oxidase domain protein  28.82 
 
 
468 aa  48.1  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0716  FAD linked oxidase-like  30.06 
 
 
476 aa  47.4  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.570326  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1997  FAD linked oxidase domain protein  30 
 
 
470 aa  47.4  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.810162  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1374  FAD linked oxidase domain-containing protein  26.55 
 
 
473 aa  47.4  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2750  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  31.9 
 
 
468 aa  47  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.603945 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0982  FAD linked oxidase domain-containing protein  24.58 
 
 
472 aa  46.6  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1859  oxidoreductase, FAD-binding  25.84 
 
 
524 aa  45.8  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3158  FAD linked oxidase domain-containing protein  31.11 
 
 
473 aa  45.8  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1131  FAD linked oxidase-like  30.67 
 
 
475 aa  45.4  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3784  FAD linked oxidase domain-containing protein  33.14 
 
 
472 aa  45.4  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.532115  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2895  FAD linked oxidase domain-containing protein  29.15 
 
 
457 aa  45.4  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0604717  normal  0.268779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2091  FAD linked oxidase-like  29.71 
 
 
471 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.647831 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1682  oxidoreductase, FAD-binding  25.99 
 
 
473 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1334  FAD linked oxidase domain-containing protein  25.99 
 
 
473 aa  45.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4322  FAD linked oxidase-like  30.32 
 
 
474 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.163811 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0390  FAD-binding protein  25.58 
 
 
469 aa  44.7  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.13376  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1439  FAD linked oxidase domain-containing protein  32.46 
 
 
967 aa  44.3  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.96855  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0975  FAD dependent oxidoreductase  28.85 
 
 
476 aa  44.3  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5658  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  32.56 
 
 
475 aa  44.3  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1268  FAD linked oxidase domain protein  29.27 
 
 
497 aa  44.3  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21430  FAD linked oxidoreductase  28.07 
 
 
472 aa  44.3  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.314839  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0138  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.14 
 
 
506 aa  43.9  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.529634  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1247  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  29.21 
 
 
472 aa  44.3  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0733  FAD linked oxidase domain protein  30.25 
 
 
478 aa  43.9  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0806943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4275  FAD linked oxidase, C-terminal:FAD linked oxidase, N-terminal  30.63 
 
 
483 aa  43.9  0.008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1704  oxidoreductase, FAD-binding  25.42 
 
 
473 aa  43.9  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0409  oxidoreductase, FAD-binding  25.42 
 
 
473 aa  43.9  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1472  oxidoreductase, FAD-binding  25.42 
 
 
473 aa  43.9  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0939  oxidoreductase, FAD-binding  25.42 
 
 
473 aa  43.9  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0753  oxidoreductase, FAD-binding  25.42 
 
 
473 aa  43.9  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.78628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>