277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1342 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1342  helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 219 aa  427  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.160191 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  46.61 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  36.2 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.99 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.98 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  35.14 
 
 		 228 aa  108  6e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  31.25 
 
 		 238 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  33.48 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  35.85 
 
 		 229 aa  105  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.48 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.88 
 
 		 237 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.42 
 
 		 229 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  34.39 
 
 		 235 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.77 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.78 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.42 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.42 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.42 
 
 		 237 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.03 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  31.82 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 233 aa  102  5e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.96 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  35.18 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 		 232 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.17 
 
 		 229 aa  99.4  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  34.02 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  34.02 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.37 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.32 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 		 232 aa  95.5  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  33.51 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  35 
 
 		 244 aa  95.1  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  33.33 
 
 		 226 aa  94.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.14 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.88 
 
 		 232 aa  93.2  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  33.48 
 
 		 229 aa  92.4  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35 
 
 		 230 aa  90.9  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  30.32 
 
 		 232 aa  89.4  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.75 
 
 		 248 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.35 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.81 
 
 		 237 aa  89.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  33.18 
 
 		 228 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 		 228 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 		 227 aa  88.6  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.72 
 
 		 242 aa  88.2  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  32.26 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.93 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.23 
 
 		 237 aa  87.8  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.72 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.73 
 
 		 228 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.58 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.68 
 
 		 231 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.07 
 
 		 231 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.11 
 
 		 225 aa  86.3  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.66 
 
 		 230 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 		 230 aa  85.9  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  33.18 
 
 		 232 aa  85.5  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.66 
 
 		 230 aa  85.1  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.17 
 
 		 229 aa  85.1  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  31.58 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  31.58 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.27 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.27 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  35.44 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.49 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.02 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.42 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  30.73 
 
 		 230 aa  81.6  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.82 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  30.91 
 
 		 234 aa  81.3  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.48 
 
 		 238 aa  81.3  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  28.57 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.61 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  31.14 
 
 		 231 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2749  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  41.84 
 
 		 99 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  34.54 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3752  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.51 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  33.33 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.09 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.05 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.67 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.49 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  35.71 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.23 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.64 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.99 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  34.82 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  22.06 
 
 		 231 aa  73.6  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  29.86 
 
 		 234 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3216  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.85 
 
 		 224 aa  72  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>