232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2749 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2749  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 99 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  53.54 
 
 		 229 aa  117  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3142  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  50.51 
 
 		 232 aa  105  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.92923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.49 
 
 		 228 aa  103  8e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.48 
 
 		 229 aa  102  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.47 
 
 		 237 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.47 
 
 		 237 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.47 
 
 		 237 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1564  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.47 
 
 		 237 aa  100  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  46.46 
 
 		 230 aa  100  9e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.46 
 
 		 225 aa  100  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.46 
 
 		 232 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.46 
 
 		 232 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.46 
 
 		 232 aa  99.4  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  50 
 
 		 235 aa  93.6  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4305  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47 
 
 		 233 aa  92.8  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2797  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.47 
 
 		 227 aa  91.3  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3400  hypothetical protein  43.43 
 
 		 226 aa  89.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0282  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43 
 
 		 231 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  47.87 
 
 		 230 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  47.87 
 
 		 230 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  47.87 
 
 		 230 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  45 
 
 		 238 aa  88.2  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  43.01 
 
 		 234 aa  87.8  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  50 
 
 		 233 aa  87.8  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.92 
 
 		 233 aa  87.8  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.37 
 
 		 242 aa  87.4  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.37 
 
 		 242 aa  87.8  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  45.92 
 
 		 233 aa  87.8  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  43.88 
 
 		 229 aa  87.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  45.35 
 
 		 230 aa  87  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4069  Helix-turn-helix type 11 domain protein  50.51 
 
 		 225 aa  86.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  46.46 
 
 		 228 aa  86.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4185  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43 
 
 		 248 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.32 
 
 		 237 aa  85.5  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  42.71 
 
 		 232 aa  85.5  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2539  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.62 
 
 		 232 aa  85.5  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  84.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  84.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  84.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5970  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41 
 
 		 241 aa  84.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.392838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  42.86 
 
 		 228 aa  84.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  42.86 
 
 		 228 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45 
 
 		 226 aa  84  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0104  hypothetical protein  42 
 
 		 230 aa  84  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.55 
 
 		 232 aa  84  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3551  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43 
 
 		 238 aa  83.6  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  43.48 
 
 		 240 aa  83.6  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4540  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.88 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  48 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0146  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  45 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  48.84 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  44.83 
 
 		 246 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0970  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 230 aa  80.9  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.890751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  41.41 
 
 		 232 aa  80.5  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.83 
 
 		 246 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41 
 
 		 229 aa  80.1  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.43 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  43.43 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0848  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2105  hypothetical protein  41.41 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2094  hypothetical protein  41.41 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  44 
 
 		 252 aa  78.2  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  46.39 
 
 		 231 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.83 
 
 		 252 aa  77  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2599  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  47.62 
 
 		 235 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0532  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  41 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2679  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 228 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2822  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.43 
 
 		 235 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424495  normal  0.108616 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 		 230 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5977  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41 
 
 		 231 aa  73.6  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  42.86 
 
 		 228 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  42.86 
 
 		 228 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  42.86 
 
 		 228 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  42.86 
 
 		 228 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 228 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  39.8 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  42.86 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  42.86 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  42.42 
 
 		 367 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40 
 
 		 237 aa  72.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0878  helix-turn-helix, type 11  41.84 
 
 		 233 aa  72  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0408  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.86 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.855844 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3521  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3821  hypothetical protein  37 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  43.3 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2577  DeoR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1342  helix-turn-helix type 11 domain protein  41.38 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.160191 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2449  helix-turn-helix, type 11  36.36 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.153287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1583  hypothetical protein  38 
 
 		 234 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.906124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.46 
 
 		 316 aa  68.6  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  35.35 
 
 		 313 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 313 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  34.34 
 
 		 313 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2380  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42 
 
 		 228 aa  68.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.4 
 
 		 229 aa  67  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>