More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0995 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  64.58 
 
 		 296 aa  351  1e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  64.16 
 
 		 292 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 292 aa  342  7e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 303 aa  330  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  56.01 
 
 		 294 aa  298  1e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  55.86 
 
 		 299 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 291 aa  294  1e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  55.32 
 
 		 293 aa  289  4e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 301 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 292 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.85 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4198  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.408644  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  30.58 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1178  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 299 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0949168  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2321  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000823941  hitchhiker  0.00226942 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1792  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0545  transcriptional activator NhaR  25 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4831  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  25.35 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  24.3 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  25.35 
 
 		 299 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  25.35 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  26.06 
 
 		 317 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3085  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  24.47 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4402  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  26.03 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  26.33 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1231  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.181186  normal  0.394271 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  27.05 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1259  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0187245  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00631  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.38 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0783692  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  24.38 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0778  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1138  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1150  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326355  normal  0.337548 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2059  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.059408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  26.98 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  30.42 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  26.44 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  23.84 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  24.38 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  24.83 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  24.38 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 303 aa  87  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  24.38 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  24.38 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  24.38 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  25.17 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>