More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0179 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  100 
 
 		 187 aa  383  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  68.64 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  68.64 
 
 		 177 aa  248  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  67.46 
 
 		 177 aa  245  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  65.9 
 
 		 173 aa  237  5.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  65.48 
 
 		 174 aa  230  7.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  64.33 
 
 		 174 aa  223  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  59.64 
 
 		 175 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  58.43 
 
 		 175 aa  200  8e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  53.48 
 
 		 187 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  56.63 
 
 		 175 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  56.55 
 
 		 175 aa  194  9e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  52.94 
 
 		 171 aa  193  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  52.94 
 
 		 171 aa  193  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  53.25 
 
 		 174 aa  192  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  54.82 
 
 		 175 aa  192  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  52.35 
 
 		 171 aa  192  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  56.55 
 
 		 175 aa  190  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  53.18 
 
 		 193 aa  188  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  51.7 
 
 		 187 aa  188  4e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  51.7 
 
 		 187 aa  188  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  51.18 
 
 		 171 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  52.94 
 
 		 171 aa  186  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  53.25 
 
 		 177 aa  186  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  51.18 
 
 		 171 aa  185  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  52.07 
 
 		 172 aa  184  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  50.59 
 
 		 175 aa  182  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  56.71 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  57.93 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  52.1 
 
 		 196 aa  176  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  54.17 
 
 		 178 aa  174  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  51.9 
 
 		 176 aa  172  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  50.28 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  47.85 
 
 		 188 aa  171  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  49.41 
 
 		 168 aa  169  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  48.82 
 
 		 168 aa  168  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  51.79 
 
 		 170 aa  168  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  50.9 
 
 		 169 aa  167  9e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  49.71 
 
 		 169 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  48.82 
 
 		 168 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  52.26 
 
 		 173 aa  165  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  47.06 
 
 		 171 aa  165  5e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  48.24 
 
 		 168 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  49.43 
 
 		 180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  50.61 
 
 		 168 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  49.4 
 
 		 171 aa  164  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  53.49 
 
 		 172 aa  164  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  48.24 
 
 		 168 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  47.65 
 
 		 168 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  47.65 
 
 		 168 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  47.67 
 
 		 170 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  47.67 
 
 		 170 aa  163  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  50 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  45.24 
 
 		 171 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  47.65 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  49.7 
 
 		 167 aa  162  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  47.13 
 
 		 172 aa  162  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  50 
 
 		 168 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  49.7 
 
 		 167 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  49.7 
 
 		 167 aa  160  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  49.7 
 
 		 167 aa  160  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  45.03 
 
 		 174 aa  160  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  49.1 
 
 		 167 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  46.51 
 
 		 171 aa  159  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  46.37 
 
 		 179 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  47.7 
 
 		 182 aa  159  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0833  peptide deformylase  47.09 
 
 		 170 aa  159  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  46.47 
 
 		 171 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  46.47 
 
 		 171 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  47.95 
 
 		 170 aa  158  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  48.5 
 
 		 167 aa  158  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  47.62 
 
 		 168 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  49.1 
 
 		 167 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  47.02 
 
 		 167 aa  157  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  46.37 
 
 		 179 aa  157  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  46.37 
 
 		 216 aa  157  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  48.8 
 
 		 168 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  49.4 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  47.37 
 
 		 173 aa  156  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  47.9 
 
 		 181 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  46.37 
 
 		 179 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  48.5 
 
 		 167 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  49.7 
 
 		 169 aa  156  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  46.37 
 
 		 179 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  48.5 
 
 		 167 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  46.78 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  50 
 
 		 177 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  46.78 
 
 		 173 aa  155  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  46.95 
 
 		 171 aa  155  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  48.5 
 
 		 167 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  47.7 
 
 		 169 aa  154  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  47.27 
 
 		 167 aa  154  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  48.82 
 
 		 172 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  46.67 
 
 		 167 aa  152  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  45.83 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  46.2 
 
 		 173 aa  153  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  44.51 
 
 		 170 aa  151  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3338  peptide deformylase  46.11 
 
 		 167 aa  151  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  50.86 
 
 		 173 aa  150  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  47.62 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>