More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2235 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_2235  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
279 aa  564  1e-160  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0981376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2296  extracellular solute-binding protein family 3  77.22 
 
 
282 aa  438  9.999999999999999e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000025777  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2305  extracellular solute-binding protein family 3  62.86 
 
 
279 aa  329  3e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000714042  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0214  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  54.45 
 
 
516 aa  296  3e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.002492  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0751  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  51.8 
 
 
545 aa  284  1.0000000000000001e-75  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0389728  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.61 
 
 
510 aa  273  3e-72  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0086  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  52.33 
 
 
537 aa  272  5.000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0796672  normal  0.210719 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1532  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.45 
 
 
521 aa  267  2e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000742364  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0136  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein  53.14 
 
 
516 aa  265  8e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000337877  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  32.31 
 
 
260 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.27 
 
 
485 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.27 
 
 
485 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2589  extracellular solute-binding protein family 3  34.11 
 
 
268 aa  118  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0567  amino acid ABC transporter  31.38 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.72 
 
 
278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0468  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
260 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000361301  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
485 aa  112  9e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
247 aa  110  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 
305 aa  109  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.35 
 
 
503 aa  108  8.000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2849  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 
261 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000542084  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0971  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29 
 
 
259 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000530479  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
264 aa  106  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0655  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  33.58 
 
 
490 aa  105  6e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4059  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.14 
 
 
259 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988465  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3898  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.14 
 
 
259 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.3817799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3905  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.14 
 
 
259 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000878527  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4376  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.14 
 
 
259 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000139221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.25 
 
 
259 aa  103  3e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
250 aa  103  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  30.62 
 
 
257 aa  103  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4285  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.14 
 
 
259 aa  102  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000352358  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  27.68 
 
 
256 aa  102  6e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
259 aa  102  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4225  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.76 
 
 
259 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000103966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4174  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.76 
 
 
259 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0433211 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
246 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  31.93 
 
 
501 aa  100  4e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  33.18 
 
 
246 aa  99.4  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
277 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0296  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.25 
 
 
309 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.511931  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0326  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 
310 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.54 
 
 
273 aa  97.8  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  32.74 
 
 
251 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  30.63 
 
 
251 aa  93.6  4e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0906  extracellular solute-binding protein  34.16 
 
 
279 aa  93.2  4e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.663665  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 
266 aa  93.2  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2075  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 
280 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.17 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
268 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  37.28 
 
 
266 aa  92.4  8e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  32.14 
 
 
251 aa  92.4  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
245 aa  92  8e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  38.93 
 
 
261 aa  92.4  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.55 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  30.63 
 
 
238 aa  91.7  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  28.32 
 
 
266 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.73 
 
 
282 aa  89.7  5e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 
272 aa  89  8e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.23 
 
 
250 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  29.15 
 
 
255 aa  87.4  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.23 
 
 
250 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.6 
 
 
250 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 
245 aa  87.4  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1818  extracellular solute-binding protein family 3  30.04 
 
 
273 aa  87  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0079129  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.61 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2022  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 
272 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  normal  0.899953 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
276 aa  86.7  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.61 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.61 
 
 
250 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.86 
 
 
250 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  30.08 
 
 
263 aa  85.9  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  27.6 
 
 
266 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  31.28 
 
 
264 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.83 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.83 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  28.74 
 
 
252 aa  85.1  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
261 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.83 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  26.97 
 
 
263 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.83 
 
 
250 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 
268 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  28.23 
 
 
242 aa  84.7  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.6 
 
 
253 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2452  extracellular solute-binding protein family 3  29.69 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  31.7 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  31.7 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  29.6 
 
 
269 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  29.17 
 
 
272 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1431  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  27.8 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000284109  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4662  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.73 
 
 
276 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.257219  hitchhiker  2.83751e-21 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 
252 aa  83.2  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.26 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.72 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>