More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4919 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 416 aa  871    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  55.76 
 
 		 404 aa  457  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  52.99 
 
 		 380 aa  429  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  52.56 
 
 		 394 aa  428  1e-118  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  52.57 
 
 		 393 aa  422  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  47.27 
 
 		 385 aa  412  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  51.22 
 
 		 385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 390 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  36.36 
 
 		 391 aa  240  4e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  36.73 
 
 		 390 aa  236  4e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.91 
 
 		 425 aa  229  6e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  35.11 
 
 		 397 aa  225  1e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.12 
 
 		 393 aa  219  7e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  33.33 
 
 		 399 aa  212  7.999999999999999e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  33.69 
 
 		 386 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  34.27 
 
 		 374 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.01 
 
 		 426 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  32.79 
 
 		 412 aa  206  6e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  33.52 
 
 		 356 aa  206  8e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  35.59 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  32.71 
 
 		 425 aa  204  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  34.58 
 
 		 481 aa  203  5e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  33.06 
 
 		 384 aa  202  7e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  35.31 
 
 		 466 aa  202  7e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  33.24 
 
 		 389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  34.15 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  34.15 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 		 415 aa  200  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  32.99 
 
 		 410 aa  199  5e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  32.97 
 
 		 410 aa  199  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  32.39 
 
 		 409 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  31.99 
 
 		 408 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 		 368 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 399 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  32.4 
 
 		 354 aa  197  3e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  31.74 
 
 		 409 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3247  DNA-directed DNA polymerase  31.2 
 
 		 459 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  33.7 
 
 		 424 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  31.27 
 
 		 408 aa  196  7e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  32.06 
 
 		 409 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  33.82 
 
 		 363 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  32.56 
 
 		 419 aa  194  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  32.63 
 
 		 409 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  31.64 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  31.36 
 
 		 409 aa  193  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  31.78 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  33.05 
 
 		 380 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  33.92 
 
 		 360 aa  190  4e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.14 
 
 		 407 aa  190  5e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 		 418 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  31.3 
 
 		 364 aa  189  7e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 402 aa  189  9e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1555  DNA-directed DNA polymerase  32.12 
 
 		 422 aa  189  9e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558973  normal  0.0210398 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  32.45 
 
 		 395 aa  188  1e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  32.19 
 
 		 418 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  32.45 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.68 
 
 		 454 aa  188  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.61 
 
 		 433 aa  188  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  32.46 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  33.98 
 
 		 369 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  30.24 
 
 		 413 aa  187  3e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  34.58 
 
 		 419 aa  187  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  31.67 
 
 		 367 aa  186  6e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  35.14 
 
 		 413 aa  186  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.09 
 
 		 458 aa  186  6e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  34.46 
 
 		 419 aa  186  8e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  32.32 
 
 		 369 aa  186  9e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  32.36 
 
 		 385 aa  186  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  34.99 
 
 		 407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  31.86 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  32.15 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  32.85 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  30.72 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  33.53 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  31.39 
 
 		 354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  31.21 
 
 		 353 aa  183  5.0000000000000004e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  33.91 
 
 		 364 aa  183  5.0000000000000004e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  32.94 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  29.77 
 
 		 407 aa  182  6e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  36.31 
 
 		 463 aa  183  6e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  33.04 
 
 		 420 aa  183  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  31.75 
 
 		 379 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  32.39 
 
 		 360 aa  182  7e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  31.56 
 
 		 408 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  30.49 
 
 		 399 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  31.56 
 
 		 383 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  31.36 
 
 		 363 aa  182  1e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  32.65 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  33.43 
 
 		 359 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  31.56 
 
 		 361 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  32.76 
 
 		 351 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  31.35 
 
 		 385 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  33.66 
 
 		 351 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  32.11 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  28.34 
 
 		 356 aa  180  4e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  33.66 
 
 		 351 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>