More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2774 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  100 
 
 
210 aa  427  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  60.98 
 
 
209 aa  285  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  56.73 
 
 
209 aa  255  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  56.73 
 
 
209 aa  253  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  54.81 
 
 
209 aa  248  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
210 aa  228  6e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
211 aa  218  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
210 aa  218  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  51.94 
 
 
210 aa  217  7.999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  216  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  47.52 
 
 
210 aa  216  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  52.74 
 
 
211 aa  215  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  51.74 
 
 
213 aa  214  7e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  47.32 
 
 
222 aa  214  8e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
211 aa  214  8e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
210 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  51.47 
 
 
205 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
210 aa  212  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
211 aa  211  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
210 aa  211  9e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
213 aa  210  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
211 aa  208  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  52.74 
 
 
212 aa  207  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
207 aa  206  2e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
207 aa  206  2e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  50.26 
 
 
209 aa  205  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
210 aa  205  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
210 aa  205  4e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
209 aa  205  5e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  46.34 
 
 
216 aa  204  6e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  48.11 
 
 
220 aa  203  1e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  49.02 
 
 
210 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  47.26 
 
 
213 aa  202  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 
208 aa  202  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  47.76 
 
 
211 aa  202  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
219 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 
207 aa  201  8e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
210 aa  201  9e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
210 aa  201  9e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  47.76 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  44.39 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  45.77 
 
 
214 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  45.81 
 
 
217 aa  200  1.9999999999999998e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  47.26 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
210 aa  199  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  45.59 
 
 
212 aa  198  5e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  47.09 
 
 
211 aa  198  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  48.26 
 
 
209 aa  198  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
211 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
214 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  50.25 
 
 
211 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  51.03 
 
 
209 aa  194  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  47.26 
 
 
223 aa  194  8.000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  194  9e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
212 aa  193  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  48.51 
 
 
209 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  47.26 
 
 
213 aa  192  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  47.37 
 
 
220 aa  192  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  45.1 
 
 
217 aa  192  4e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  43.78 
 
 
218 aa  192  4e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  45.45 
 
 
206 aa  191  7e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  50.52 
 
 
209 aa  191  9e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  47.52 
 
 
209 aa  191  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  44.88 
 
 
215 aa  190  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
212 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  47.52 
 
 
209 aa  190  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  45.27 
 
 
209 aa  190  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1340  50S ribosomal protein L3  48.48 
 
 
205 aa  189  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
209 aa  189  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  48.51 
 
 
209 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 
214 aa  190  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  50.52 
 
 
209 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  46.86 
 
 
212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>