More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3909 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3909  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  679    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.046633  normal  0.0899887 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  49.28 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  48.01 
 
 		 343 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  48.48 
 
 		 347 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  42.35 
 
 		 340 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  43.28 
 
 		 340 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  46.6 
 
 		 355 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  46.79 
 
 		 351 aa  259  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  45.32 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 351 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 351 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 351 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  40.82 
 
 		 351 aa  258  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02173  transcription regulator transcription regulator protein  46.93 
 
 		 350 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291337  normal  0.0882857 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  46.88 
 
 		 331 aa  256  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  42.12 
 
 		 340 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  42.09 
 
 		 340 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  46.36 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  46.95 
 
 		 334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  40.72 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.78 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  36.9 
 
 		 356 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 358 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  36.45 
 
 		 356 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  39.42 
 
 		 345 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  39.42 
 
 		 345 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.12 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 345 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  34.85 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21780  Transcriptional regulator, LacI family  38.49 
 
 		 323 aa  190  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  35.6 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3831  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  39.29 
 
 		 343 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  37.18 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  39.29 
 
 		 354 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 335 aa  186  7e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  35 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  38.33 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  38.84 
 
 		 346 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  35.99 
 
 		 348 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  38.77 
 
 		 349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0249  LacI family transcription regulator  37.26 
 
 		 345 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  32.72 
 
 		 335 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  36.01 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 345 aa  182  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  38.44 
 
 		 343 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 343 aa  180  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  38.71 
 
 		 375 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4081  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 338 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4193  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 338 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  36.14 
 
 		 338 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  35.84 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 340 aa  175  8e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  32.3 
 
 		 336 aa  176  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  36.73 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  35.42 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  33.94 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.8 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.05 
 
 		 355 aa  173  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  38.48 
 
 		 365 aa  173  5e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  34.47 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  35.61 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  33.64 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 344 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  35.25 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  35.86 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  33.64 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  33.64 
 
 		 331 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  39.26 
 
 		 335 aa  172  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.5 
 
 		 331 aa  172  9e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2346  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 341 aa  172  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  33.88 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  33.33 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  33.33 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 331 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 345 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  33.33 
 
 		 331 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 364 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  31.19 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  30.36 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.99 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.48 
 
 		 364 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  35.14 
 
 		 345 aa  165  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  31.99 
 
 		 332 aa  165  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 348 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  30.43 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1589  alanine racemase  39.17 
 
 		 348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000384981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>