More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3010 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2531  transcriptional regulator, LysR family  70.45 
 
 		 312 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 323 aa  354  8.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  61.87 
 
 		 310 aa  352  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 322 aa  350  2e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  57.74 
 
 		 310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 308 aa  288  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 304 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  51.77 
 
 		 304 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  48.04 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 328 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  49.36 
 
 		 337 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  50.16 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.16 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.16 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  50.16 
 
 		 329 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  49.51 
 
 		 331 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  51.16 
 
 		 320 aa  230  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  44.94 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2675  transcriptional regulator, LysR family  46.93 
 
 		 314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 314 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 295 aa  199  5e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.31 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.31 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.31 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.31 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.31 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  42.67 
 
 		 337 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 293 aa  170  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0537  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 296 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  40.84 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.59 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 294 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  35.67 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3471  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  41.01 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  39.11 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  41.01 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  158  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40910  LysR family transcriptional regulatory protein  42.64 
 
 		 301 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>