More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6485 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 315 aa  650    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1221  methionyl-tRNA formyltransferase  64.47 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.820089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1053  methionyl-tRNA formyltransferase  57.28 
 
 		 312 aa  355  5e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4814  methionyl-tRNA formyltransferase  57.86 
 
 		 297 aa  353  2e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  56.58 
 
 		 302 aa  350  1e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.117163  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  55.74 
 
 		 316 aa  328  6e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0138  methionyl-tRNA formyltransferase  50.49 
 
 		 315 aa  315  6e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483644  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1921  hypothetical protein  51.84 
 
 		 297 aa  311  1e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2023  methionyl-tRNA formyltransferase  46.79 
 
 		 323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.030686 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09618  methionyl-tRNA formyltransferase  43.97 
 
 		 315 aa  279  5e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.315311  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1529  methionyl-tRNA formyltransferase  43.45 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  43.46 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  42.41 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  44.22 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  43.23 
 
 		 315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  45.28 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  43.89 
 
 		 319 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  43.32 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1705  methionyl-tRNA formyltransferase  43.32 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  43.14 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  44.12 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1714  methionyl-tRNA formyltransferase  43.14 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1996  methionyl-tRNA formyltransferase  43.14 
 
 		 309 aa  245  9e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  42.43 
 
 		 316 aa  245  9e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  42.43 
 
 		 359 aa  242  5e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0487  methionyl-tRNA formyltransferase  42.58 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  42.38 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  41.37 
 
 		 317 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3177  methionyl-tRNA formyltransferase  39.68 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000345004  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  43.65 
 
 		 312 aa  232  5e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  42.48 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  39.09 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  42.11 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1005  methionyl-tRNA formyltransferase  41.08 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00554605  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  43.54 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2491  methionyl-tRNA formyltransferase  37.38 
 
 		 319 aa  228  8e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2313  methionyl-tRNA formyltransferase  40.26 
 
 		 312 aa  228  8e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.490925  hitchhiker  0.0006759 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  41.78 
 
 		 310 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  38.29 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  40.66 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  41.45 
 
 		 310 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  40.33 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000257015 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1472  methionyl-tRNA formyltransferase  41.94 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  40.33 
 
 		 318 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  39.81 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 318 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000188499 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  39.67 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0817  methionyl-tRNA formyltransferase  41.75 
 
 		 316 aa  223  2e-57  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1300  methionyl-tRNA formyltransferase  39.4 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1275  methionyl-tRNA formyltransferase  39.4 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  39.4 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  42.67 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0316  methionyl-tRNA formyltransferase  41.72 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  39.49 
 
 		 317 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  223  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  39.41 
 
 		 315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  39.09 
 
 		 315 aa  222  7e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  39.37 
 
 		 317 aa  222  7e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00793908 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  39.33 
 
 		 318 aa  222  8e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1787  methionyl-tRNA formyltransferase  39.48 
 
 		 319 aa  222  8e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0761  methionyl-tRNA formyltransferase  40.67 
 
 		 314 aa  222  8e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194014 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0782  methionyl-tRNA formyltransferase  42.05 
 
 		 310 aa  221  9e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.606283  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  42.35 
 
 		 307 aa  221  9e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  39.55 
 
 		 310 aa  221  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  38.96 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1860  methionyl-tRNA formyltransferase  39.42 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.346485  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1176  methionyl-tRNA formyltransferase  38.57 
 
 		 309 aa  220  3e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0139658  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  39.54 
 
 		 315 aa  219  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 312 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  40.19 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  39.74 
 
 		 311 aa  219  7e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  42.21 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  40.19 
 
 		 306 aa  218  7e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  39.02 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  40 
 
 		 319 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  39.09 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  41.37 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  39.34 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  39.34 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  39.34 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  40.38 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  39.34 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1439  methionyl-tRNA formyltransferase  40.97 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  39.34 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  38.85 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0547193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  41.64 
 
 		 314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  40.59 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  37.91 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  39.02 
 
 		 324 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  39.41 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  38.11 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  39.81 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>