More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1247 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 235 aa  477  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.08 
 
 		 232 aa  279  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  56.03 
 
 		 227 aa  268  5e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  52.77 
 
 		 224 aa  245  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.85 
 
 		 230 aa  242  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  51.06 
 
 		 224 aa  241  5e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.34 
 
 		 224 aa  241  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.91 
 
 		 224 aa  239  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 224 aa  238  6.999999999999999e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  51.91 
 
 		 224 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.43 
 
 		 225 aa  231  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  48.93 
 
 		 223 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 225 aa  222  4.9999999999999996e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 		 223 aa  218  5e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.34 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.96 
 
 		 225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.21 
 
 		 228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 		 231 aa  211  9e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.64 
 
 		 231 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  45.92 
 
 		 227 aa  210  2e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.35 
 
 		 230 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  45.06 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 223 aa  208  8e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  43.97 
 
 		 227 aa  207  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 223 aa  206  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  48.29 
 
 		 230 aa  204  7e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.71 
 
 		 232 aa  204  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.87 
 
 		 223 aa  204  9e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 227 aa  204  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 226 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.83 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 266 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 229 aa  201  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 236 aa  201  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0904  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.936287  normal  0.32173 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6397  response regulator receiver protein  43.29 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.680662  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 228 aa  199  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.02 
 
 		 227 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  42.13 
 
 		 257 aa  199  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.49 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.53 
 
 		 228 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0234  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 242 aa  197  7.999999999999999e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.925989 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 228 aa  197  9e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.68 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.92 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 283 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  42.67 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  44.68 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 224 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 232 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  45.89 
 
 		 222 aa  197  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 		 228 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 224 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0708  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.55 
 
 		 226 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328024  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  40.85 
 
 		 232 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 231 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.07 
 
 		 224 aa  195  5.000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.11 
 
 		 228 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  44.26 
 
 		 226 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 231 aa  195  5.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 224 aa  195  6e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.83 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0655  two component response regulator transcription regulator protein  45.11 
 
 		 228 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.81937 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  44.21 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.75 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0523  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.16 
 
 		 224 aa  194  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.21 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.38 
 
 		 227 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1625  DNA-binding response regulator CsrR  44.21 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.137799  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  44.21 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  43.53 
 
 		 229 aa  193  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  45.26 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  43.53 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  45.06 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3918  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>