More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0453 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0453  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 225 aa  454  1e-127  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.904663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.11 
 
 		 225 aa  320  9.000000000000001e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.19 
 
 		 230 aa  286  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2762  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.22 
 
 		 225 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.95 
 
 		 224 aa  270  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0732  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 231 aa  251  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.87 
 
 		 266 aa  249  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.453489  normal  0.0202921 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 228 aa  244  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3855  two component heavy metal response transcriptional regulator  55.16 
 
 		 226 aa  241  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0274  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.78 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.701823  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 223 aa  237  9e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  50.45 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2944  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.26 
 
 		 223 aa  234  7e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.470859  normal  0.70587 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3400  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 224 aa  233  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.105495  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.91 
 
 		 235 aa  232  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  52.65 
 
 		 227 aa  231  5e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1849  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 228 aa  231  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.418833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.11 
 
 		 223 aa  229  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  52.47 
 
 		 228 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  52.47 
 
 		 226 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 225 aa  225  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.9 
 
 		 225 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.34 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 230 aa  221  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.89 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.89 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.89 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.12 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  48.43 
 
 		 223 aa  218  5e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0258  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.45 
 
 		 226 aa  218  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4296  DNA-binding transcriptional activator CusR  50.45 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000252174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  50 
 
 		 226 aa  217  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  51.79 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2158  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.144347  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  51.79 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  51.79 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  51.79 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  51.79 
 
 		 227 aa  217  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.12 
 
 		 226 aa  217  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  49.78 
 
 		 228 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3584  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 226 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00532  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CusS  51.34 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0589  DNA-binding transcriptional activator CusR  51.34 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.180273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00521  hypothetical protein  51.34 
 
 		 227 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1699  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 226 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00419772 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 224 aa  214  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 224 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 227 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.02 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 224 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.56 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  47.56 
 
 		 228 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.44 
 
 		 225 aa  211  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.44 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.89 
 
 		 227 aa  209  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  48.44 
 
 		 227 aa  210  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  49.33 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.19 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.33 
 
 		 224 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2234  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.9 
 
 		 225 aa  209  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.162422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2215  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 228 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 224 aa  207  7e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 242 aa  208  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  47.53 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.53 
 
 		 228 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.78 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 227 aa  207  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  46.64 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1718  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.348336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5099  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5335  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.733276  normal  0.970872 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2388  heavy metal response regulator  48.44 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000142984  normal  0.119734 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.09 
 
 		 231 aa  206  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2101  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.44 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2165  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 232 aa  206  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.77286 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  45.98 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1841  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 228 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.99331  hitchhiker  0.00000222676 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  47.53 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  49.11 
 
 		 224 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.11 
 
 		 224 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0577  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 231 aa  205  6e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0903513 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.53 
 
 		 225 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>