More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1224 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1224  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 227 aa  456  1e-127  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0117785  hitchhiker  0.00926138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  58.15 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  57.8 
 
 		 226 aa  254  7e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  54.95 
 
 		 227 aa  248  5e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3042  two-component response regulator  53.18 
 
 		 228 aa  244  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.330896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5611  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 235 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.736991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4011  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.8 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0268606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2671  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 		 243 aa  207  9e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 231 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.86 
 
 		 235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.61 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  42.08 
 
 		 235 aa  192  5e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 232 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  43.67 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  40.44 
 
 		 233 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2990  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.140246 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 236 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  40.99 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  40.99 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  40.99 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2485  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 243 aa  175  5e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 223 aa  175  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  174  7e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.6 
 
 		 231 aa  174  7e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343135 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 223 aa  174  7e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 239 aa  174  7e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 239 aa  174  7e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  40.08 
 
 		 238 aa  174  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2631  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 235 aa  174  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  normal  0.0653315 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1491  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  37.1 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2316  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  38.01 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2058  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  39.64 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.275433  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0173  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.29 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.505642  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0183  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.29 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.635675 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0766  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0291358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2367  two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  40.71 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 234 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  41.81 
 
 		 234 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 232 aa  172  5e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  41.81 
 
 		 234 aa  172  5e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2143  phosphate regulon transcriptional regulatory protein Phob  39.19 
 
 		 228 aa  171  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  39.73 
 
 		 227 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 237 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 234 aa  171  7.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 242 aa  171  7.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.01 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 230 aa  171  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 239 aa  171  9e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.97 
 
 		 247 aa  170  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 		 236 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1802  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.48 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.150286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 234 aa  170  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 239 aa  170  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2782  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 231 aa  170  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.92379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.09 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 272 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  43.97 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2781  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 241 aa  170  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>