72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2150 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2150  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 348 aa  713    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2304  DNA polymerase III, delta subunit  67.67 
 
 		 357 aa  478  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.477598  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2577  DNA polymerase III, delta subunit  66.57 
 
 		 346 aa  465  9.999999999999999e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0260  DNA polymerase III, delta subunit  62.09 
 
 		 346 aa  441  1e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.389974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1965  DNA polymerase III, delta subunit  58.91 
 
 		 349 aa  440  9.999999999999999e-123  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.025089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0224  DNA polymerase III, delta subunit  60.6 
 
 		 346 aa  431  1e-120  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2201  DNA polymerase III, delta subunit  59.1 
 
 		 348 aa  424  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.638698 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  24.64 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  26.14 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  27.15 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2918  DNA polymerase III, delta subunit  27.61 
 
 		 334 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1251  DNA polymerase III, delta subunit  27.05 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  26.2 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  26.06 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  25.98 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  25.23 
 
 		 336 aa  89.7  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.7 
 
 		 329 aa  89.4  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  27.94 
 
 		 338 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  23.78 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  30.43 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1447  hypothetical protein  26.09 
 
 		 341 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.7 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  25.5 
 
 		 330 aa  80.5  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11278  hypothetical protein  24.71 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  26.33 
 
 		 331 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_002950  PG0949  hypothetical protein  25.47 
 
 		 335 aa  75.9  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.148514 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  23.78 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  22.29 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  23.71 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  21.84 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2001  DNA polymerase III, delta subunit  23.55 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.152484  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  24.02 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  25.43 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  21.79 
 
 		 336 aa  57  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 419 aa  55.8  0.0000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  22.39 
 
 		 336 aa  55.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  25.52 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1040  DNA polymerase III, delta subunit  24.47 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000902231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  20.9 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  27.08 
 
 		 342 aa  53.1  0.000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  23.17 
 
 		 336 aa  52.8  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  23.38 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  21.49 
 
 		 336 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2722  sigma-54 factor, interaction region  26.13 
 
 		 628 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.351091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  21.75 
 
 		 338 aa  49.3  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  24.74 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  20.37 
 
 		 344 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2105  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.23 
 
 		 588 aa  47.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00514129  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  20.06 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  22.9 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  25 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0737  putative sigma54 specific transcriptional regulator  25.57 
 
 		 408 aa  44.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  21.97 
 
 		 328 aa  45.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  25 
 
 		 345 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  24.24 
 
 		 348 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.9 
 
 		 466 aa  44.3  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  25.12 
 
 		 451 aa  44.7  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1534  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.32 
 
 		 456 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  26.34 
 
 		 478 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  24.79 
 
 		 453 aa  43.5  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.262789 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0749  response regulator receiver domain-containing protein  24 
 
 		 455 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  25.12 
 
 		 460 aa  43.5  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 454 aa  43.1  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0984  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 455 aa  42.7  0.01  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 489 aa  42.7  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>