80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1965 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_1965  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 
349 aa  722    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.025089  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2201  DNA polymerase III, delta subunit  68.96 
 
 
348 aa  508  1e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.638698 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2150  DNA polymerase III, delta subunit  58.91 
 
 
348 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2304  DNA polymerase III, delta subunit  60.73 
 
 
357 aa  439  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.477598  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2577  DNA polymerase III, delta subunit  60 
 
 
346 aa  436  1e-121  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0260  DNA polymerase III, delta subunit  61.19 
 
 
346 aa  436  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.389974  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0224  DNA polymerase III, delta subunit  58.51 
 
 
346 aa  424  1e-118  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  29.18 
 
 
338 aa  113  5e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1251  DNA polymerase III, delta subunit  27.38 
 
 
341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  0.540946 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  25.37 
 
 
350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  27.54 
 
 
344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  25.21 
 
 
337 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  27.08 
 
 
331 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1065  DNA polymerase III, delta subunit  27.13 
 
 
339 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.251286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2918  DNA polymerase III, delta subunit  24.62 
 
 
334 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  25.61 
 
 
336 aa  96.7  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11278  hypothetical protein  23.91 
 
 
336 aa  96.7  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  26 
 
 
344 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.77 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  26.91 
 
 
329 aa  93.6  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  25.62 
 
 
331 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  26.52 
 
 
329 aa  90.9  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1447  hypothetical protein  24.92 
 
 
341 aa  86.7  6e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  23.39 
 
 
338 aa  84.7  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  24.53 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  26.1 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0949  hypothetical protein  23.44 
 
 
335 aa  79  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.148514 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  23.71 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  23.49 
 
 
336 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  25.23 
 
 
334 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  22.59 
 
 
336 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  23.49 
 
 
336 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  24.84 
 
 
354 aa  72  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  23.19 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  23.62 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.08 
 
 
346 aa  69.7  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  24.09 
 
 
330 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  24.56 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  21.3 
 
 
328 aa  60.8  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2973  DNA polymerase III, delta subunit  22.93 
 
 
324 aa  60.8  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221359 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  24.7 
 
 
345 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  24.7 
 
 
345 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.7 
 
 
351 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2001  DNA polymerase III, delta subunit  21.36 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.152484  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  23.68 
 
 
325 aa  59.3  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  22.46 
 
 
344 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  24.19 
 
 
351 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1040  DNA polymerase III, delta subunit  24.9 
 
 
342 aa  57  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000902231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  22.94 
 
 
348 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  23.88 
 
 
339 aa  57  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  21.57 
 
 
323 aa  56.6  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  21.15 
 
 
338 aa  55.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  21.4 
 
 
335 aa  54.3  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  22.63 
 
 
336 aa  53.5  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  22.89 
 
 
345 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  23.51 
 
 
345 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  23.2 
 
 
345 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  21.34 
 
 
337 aa  49.7  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  22.84 
 
 
333 aa  48.9  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0811  DNA polymerase III, delta subunit  25.5 
 
 
387 aa  48.5  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.692629 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  20.53 
 
 
327 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  21.02 
 
 
374 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  23.02 
 
 
342 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  20.4 
 
 
332 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  24.3 
 
 
345 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  24 
 
 
331 aa  47.4  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  21.56 
 
 
330 aa  46.2  0.0008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  23.53 
 
 
346 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0729  hypothetical protein  22.84 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0375317  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  21.05 
 
 
337 aa  44.3  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  23.5 
 
 
344 aa  43.5  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  23.51 
 
 
345 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>