195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1164 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1164  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 481 aa  1009    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149983  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  30.35 
 
 		 468 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.7 
 
 		 461 aa  224  3e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  31.88 
 
 		 465 aa  219  6e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 		 468 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  31.49 
 
 		 469 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  29.27 
 
 		 468 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.26 
 
 		 466 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  28.4 
 
 		 469 aa  150  5e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  26.86 
 
 		 433 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  27.86 
 
 		 468 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.23 
 
 		 461 aa  146  6e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.52 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.9 
 
 		 471 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.11 
 
 		 465 aa  144  4e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 426 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  26.6 
 
 		 467 aa  143  8e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 		 469 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 467 aa  138  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 		 444 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 448 aa  133  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  25.12 
 
 		 428 aa  133  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  26.67 
 
 		 444 aa  132  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.87 
 
 		 434 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.5 
 
 		 462 aa  125  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  25.18 
 
 		 428 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  28.34 
 
 		 445 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 		 429 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 		 471 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  24.18 
 
 		 471 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  27.25 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  23.93 
 
 		 486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.5 
 
 		 430 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  25.47 
 
 		 468 aa  110  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 		 477 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  23.17 
 
 		 477 aa  108  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  24.64 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  25.47 
 
 		 449 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  25.23 
 
 		 441 aa  101  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.44 
 
 		 471 aa  99.8  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  22.73 
 
 		 475 aa  99.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  22.07 
 
 		 483 aa  99  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.16 
 
 		 479 aa  96.7  8e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  24.55 
 
 		 433 aa  93.6  7e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  21.75 
 
 		 471 aa  93.6  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  21.53 
 
 		 480 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  22.47 
 
 		 459 aa  90.5  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 448 aa  90.1  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  22.3 
 
 		 441 aa  88.6  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  22.05 
 
 		 459 aa  88.6  3e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.44 
 
 		 478 aa  87  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.3 
 
 		 441 aa  84.3  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  21.31 
 
 		 470 aa  84.3  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  22.31 
 
 		 490 aa  84  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  22.31 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  20.61 
 
 		 471 aa  82.4  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 450 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  21 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  22.67 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  23.25 
 
 		 608 aa  80.9  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  21.9 
 
 		 474 aa  79  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  22.98 
 
 		 445 aa  79  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  22.51 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  19.06 
 
 		 451 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  20 
 
 		 476 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  24.77 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  23 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  22.08 
 
 		 608 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  20.33 
 
 		 600 aa  70.1  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  20.36 
 
 		 473 aa  70.1  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  21.64 
 
 		 603 aa  67.8  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.56 
 
 		 609 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  21.85 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  19.55 
 
 		 533 aa  63.5  0.000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  20.68 
 
 		 490 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1507  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 		 591 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  21.59 
 
 		 612 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  21.9 
 
 		 506 aa  62  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  23.81 
 
 		 529 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.04 
 
 		 459 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  22.2 
 
 		 592 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  18.88 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  24.22 
 
 		 591 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.77 
 
 		 478 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  23.7 
 
 		 501 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  20.54 
 
 		 520 aa  59.3  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1705  Radical SAM domain protein  22.68 
 
 		 589 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.871388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  21.92 
 
 		 609 aa  58.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  21.72 
 
 		 476 aa  58.5  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  22.52 
 
 		 583 aa  57.4  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 		 576 aa  57.4  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  23.97 
 
 		 532 aa  57.4  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  21.24 
 
 		 539 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  21.39 
 
 		 497 aa  56.2  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.06 
 
 		 473 aa  55.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  21.78 
 
 		 576 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.53 
 
 		 479 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>