More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cfla_3559 on replicon NC_014151
Organism: Cellulomonas flavigena DSM 20109



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  100 
 
 		 304 aa  595  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  54.05 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  48.67 
 
 		 305 aa  242  7e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  47.22 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  47.65 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 286 aa  223  4e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  55.75 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  45.42 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  51.57 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  51.57 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 362 aa  198  9e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  40.51 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  50.39 
 
 		 287 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.43 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.1 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  40.6 
 
 		 307 aa  185  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  37.63 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  39.03 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  35.64 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.93 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.46 
 
 		 254 aa  160  3e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  35.91 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  39.04 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 313 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  36.55 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  40.8 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  30.34 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  37.93 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  33.85 
 
 		 326 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  32.17 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  36.86 
 
 		 312 aa  148  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  37.16 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  34.77 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  34 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  33.09 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  33.46 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  37.4 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  32.72 
 
 		 305 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  36.95 
 
 		 206 aa  117  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  36.67 
 
 		 300 aa  99.4  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  34.93 
 
 		 567 aa  98.2  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 350 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  34.5 
 
 		 561 aa  93.6  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  31.43 
 
 		 579 aa  92.8  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 560 aa  90.5  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 213 aa  90.1  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 566 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  33.96 
 
 		 219 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  35.58 
 
 		 226 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  34.19 
 
 		 323 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  32.55 
 
 		 218 aa  88.2  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  31.87 
 
 		 623 aa  87  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 217 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 223 aa  87.4  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  33.49 
 
 		 225 aa  87  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  37.43 
 
 		 215 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 218 aa  86.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  34.25 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.35 
 
 		 250 aa  86.3  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  33.04 
 
 		 323 aa  85.9  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 219 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.89 
 
 		 368 aa  85.5  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 219 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 219 aa  85.5  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  33.96 
 
 		 570 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  35.56 
 
 		 559 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  29.78 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0004  pseudouridine synthase  33.96 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000105413 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 221 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  34.59 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  31.39 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 578 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.33 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>